Karakterizacija sevov Escherichia spp., izoliranih iz gvana netopirjev iz Škocjanskih jamPlaskan, Monika (Avtor) Ambrožič Avguštin, Jerneja (Mentor) Mulec, Janez (Komentor) netopirjikraške jamegvanoE. coliE. marmotaedejavniki virulenceprotimikrobne učinkovineV raziskavi smo analizirali 81 izolatov bakterij iz rodu Escherichia, ki so jih iz gvana netopirjev, vzorčenega v letih 2020 in 2021 v Škocjanskih jamah, izolirali na Inštitutu za raziskovanje krasa ZRC SAZU. Izolatom smo določili ERIC-profil, jih uvrstili v filogenetske skupine po prvotni in prenovljeni metodi, analizirali prisotnost genov, povezanih z dejavniki virulence in testirali občutljivost za izbrane protimikrobne učinkovine. Ugotovili smo, da je med 81-imi sevi 26 neklonalnih sevov vrste Escherichia coli, med katerimi jih je bilo največ uvrščenih v filogenetsko skupino B23 po prvotni, oziroma B2 po prenovljeni metodi po Clermontu. Med dejavniki virulence, ki se uvrščajo v skupino adhezinov, smo pri vseh izolatih bakterije E. coli potrdili gena crl in fimH, polovica izolatov je bila pozitivnih za avtotransporterski gen vat, med toksini in invazini smo največkrat potrdili gene astA, hlyF in usp. Najpogosteje zastopan gen za dejavnike, povezane z izogibanjem imunskemu sistemu, je bil gen traT, med geni, povezanimi s privzemom železa smo pri polovici izolatov potrdili gena fyuA in irp2. Fenotipsko smo odpornost proti vsaj eni protimikrobni učinkovini potrdili pri 21 neklonalnih izolatih vrste E. coli. Potrdili smo, da izolati vsebujejo tudi plazmide, a je bila njihova izolacija težavna. Za 17 sevov z enakim ERIC-profilom na podlagi zaporedja gena za 16S rRNA nismo mogli ločiti izolatov vrste E. coli od vrste E. marmotae, smo pa z MALDI-TOF MS potrdili, da izolati, ki na gojišču MacConkey tvorijo bele kolonije, pripadajo nedavno opisani vrsti E. marmotae. To je prvi primer izolacije bakterije E. marmotae iz gvana netopirjev.[M. Plaskan]20222022-09-22 07:17:50Magistrsko delo/naloga140959UDK: 579.25:631.854:551.44VisID: 211818COBISS_ID: 122371843sl