Analiza plazmida pES6 seva Escherichia coli VF2017Kugovnik, Ana (Avtor) Ambrožič Avguštin, Jerneja (Mentor) Escherichia coliESBLkonjugativni plazmidiIncX3frekvenca konjugacijeNGSSevi Escherichia coli imajo pogosto genske zapise za encime betalaktamaze z razširjenim spektrom delovanja (ESBL) na konjugativnih plazmidih. V raziskavi smo analizirali konjugativni plazmid pES6, povezan z odpornostjo proti cefotaksimu (blaSHV-12) in nizkim koncentracijam fluorokinolonov (qnrS1), iz ESBL-pozitivnih sevov E. coli, vzorčenih v perutninskih rejah v Sloveniji. Ugotovljene frekvence konjugativnega prenosa odpornosti proti cefotaksimu so bile pri poskusih konjugacij z donorskim sevom VF2017-A5 (A5) od 10-7 do 10-5, z donorskim sevom VF2017-A6 (A6) pa od 10-5 do 10-3. S sekvenciranjem plazmidne DNA (pDNA) izbranih transkonjugant (TK) smo ugotovili, da so poleg plazmida pES6, ki je enak kot v literaturi opisani plazmid pEC-243, v navedenih donorskih sevih prisotni še dodatni plazmidi pV5, pV6 in pK6. Pri TK iz donorja A5 je prisoten domnevni plazmid pV5 z zapisom za kolicin B in kolicin M, pri TK iz donorja A6 pa domnevni plazmid pV6 z zapisom za kolicin Ia in mikrocin V ter kriptični plazmid pK6. Njihovo prisotnost smo pri TK potrdili tudi s PCR s plazmidno-specifičnimi začetnimi oligonukleotidi, plazmida pV5 in pV6 pa tudi fenotipsko na podlagi kolicinske aktivnosti. S primerjavo rezultatov, dobljenih z bioinformacijsko analizo nukleotidnih zaporedij plazmidov sevov A5 in A6 s podatki, dobljenih z analizo izolirane nerazrezane in razrezane pDNA po gelski elektroforezi, smo ugotovili, da z elektroforezo pDNA, zgolj vizualno, ne zaznamo in/ali težko opredelimo vse plazmide v izolirani pDNA posameznega seva.[A. Kugovnik]20222022-09-09 07:15:42Magistrsko delo/naloga139945UDK: 577.2VisID: 208900COBISS_ID: 120876291sl