Z gvanini bogata zaporedja v genomu SARS-CoV-2Kolar, Maja (Avtor) Plavec, Janez (Mentor) G-kvadrupleksSARS-CoV-2napoved sekundarne struktureNMRZ gvanini bogata zaporedja s tipično obliko GnXaGnXbGnXcGn, kjer so Gn neprekinjeni gvaninski trakti; n ≥ 2; 7 ≥ a/b/c ≥ 0; X pa je poljubni nukleotid, so zmožna tvorbe G-kvadrupleksnih struktur. Pogosta so v regulatornih regijah virusnih genomov, vendar so v genomu SARS-CoV-2 redka. Ligandi za virusne G-kvadruplekse imajo velik terapevtski potencial. Netipične G-kvadrupleksne strukture lahko vsebujejo izbokline in lasnične zanke, ki hkrati predstavljajo dodatna vezavna mesta za ligande. Netipična G-kvadrupleksna zaporedja smo iskali v genomu SARS-CoV-2, za kar smo na podlagi G4Hunter algoritma napisali posodobljeni algoritem imenovan G4HunterHairpin. To je prvi znan algoritem, ki v iskanju zaporedij, zmnožnih tvorbe G-kvadrupleksov, vključuje iskanje lasnic v prekinjenih G-traktih. Z G4HunterHairpin smo v genomu SARS-CoV-2 našli oligonukleotidna zaporedja z napovedanim zvitjem v netipične G-kvadrupleksne strukture. Sintetizirali smo 13 oligonukleotidov ter jih analizirali z 1D 1H NMR spektroskopijo. Opazili smo tvorbo lasnic ali G-kvadrupleksov, pri čemer smo pri oligonukleotidu V8-30 opazili tvorbo obeh struktur hkrati. Z 2D 1H-1H NOESY eksperimentom smo določili paralelno topologijo V8-30 G-kvadrupleksa ter asignirali nekatere bazne pare v lasnici.20222022-09-07 14:45:00Diplomsko delo/naloga139823VisID: 15361COBISS_ID: 127209731sl