Primerjava tehnologije DNA-mikromrež in sekvenciranja cDNA z nanoporami pri analizi transkriptoma celične linije HepG2 divjega tipa in z izbitim genom SC5DVičič, Žiga (Avtor) Rozman, Damjana (Mentor) analiza z mikromrežamisekvenciranje z nanoporamibioinformatikaPotreba po razumevanju vpliva transkriptoma na celični fenotip v kliničnem okolju spodbuja razvoj novih generacij tehnologij določevanja nukleotidnega zaporedja prepisov. Prva tehnologija, ki je omogočila sočasno detekcijo izražanja velike množice genov, je tehnologija DNA-mikromrež. Nasledila jo je metoda direktnega sekvenciranja RNA, imenovana RNA-Seq, ki so jo omogočile tehnologije sekvenciranja naslednje generacije. Tehnologija sekvenciranja z nanoporami omogoča sekvenciranje celotnih prepisov, s čimer olajša bioinformacijsko analizo transkriptoma. Zaradi tradicionalne uporabe v medicinski diagnostiki se je metoda obratne transkripcije in kvantitativne verižne reakcije s polimerazo (RT-qPCR) uveljavila kot »zlati standard« za kvantifikacijo ravni izražanja posameznih genov. V okviru magistrske naloge smo primerjali rezultate analize diferenčno izraženih genov med celično linijo HepG2 divjega tipa in z izbitim genom SC5D, ki so bili zajeti z DNA-mikromrežami in s sekvenciranjem z nanoporami. Ravni izražanja izbrane skupine genov smo določili tudi z RT-qPCR in jih primerjali z rezultati ostalih dveh metod. Pri tem smo s sekvenciranjem z nanoporami v celični liniji z izbitim genom SC5D določili statistično pomembno spremembo v izražanju nekaterih genov, ki je pred tem nismo zaznali z analizo z mikromrežami. Pri izračunu korelacije med tehnologijama in rezultati meritev spremembe izražanja, določene z RT-qPCR, smo potrdili, da sta metodi primerljivi. Ob tem je bila korelacija z rezultati analize z mikromrežami presenetljivo višja. Prvič smo za statistično pomembno izražene gene, zaznane tako z analizo z mikromrežami kot s sekvenciranjem z nanoporami, izračunali korelacijo vrednosti dvojiškega logaritma faktorja spremembe. Ta je višja od v literaturi opisanih primerjav med tehnologijami sekvenciranja s sintezo in analizo z mikromrežami. Tekom magistrske naloge smo razvili cevovod za bioinformacijsko analizo, primerjali orodja za določitev diferenčnega izražanja genov in uspešno izvedli obogatitveno analizo skupin genov. Rezultati slednje bodo v prihodnje služili za razvoj nadaljnjih hipotez o vlogi izbitega gena SC5D v fenotipu celične linije.20222022-08-31 12:35:00Magistrsko delo/naloga139147VisID: 21482COBISS_ID: 123539203sl