Računalniške simulacije modelnih tekočinKokalj, Katarina (Avtor) Jamnik, Andrej (Mentor) molekulska dinamikaprimarni in sekundarni alkoholipolje sil združenih atomovporazdelitvene funkcijeAlkoholi so zanimive organske spojine, ki se pogosto uporabljajo kot reaktanti ali topila pri reakcijah v kemijskih procesih, podobno pa jih lahko v različnih vlogah zasledimo tudi pri številnih bioloških procesih. Zato so pogosto predmet različnih znanstvenih raziskav. V tem diplomskem delu smo se osredotočili na izomerne spojine heksan-1-ol, heksan-2-ol, heksan-3-ol in 3,3-dimetilbutanol, naš cilj pa je bil s pomočjo računalniških simulacij molekulske dinamike in izbranega modela na osnovi polja sil TraPPE–UA raziskati njihove lastnosti na molekularnem nivoju. Računalniške simulacije smo pričeli z energijsko minimizacijo sistema, sledilo je uravnoteženje v ansamblu NVT, uravnoteženje v ansamblu NPT, na koncu pa še izvedba produkcijskega koraka simulacije, ki je priskrbel osnovne rezultate simulacije. S primerjavo rezultatov simulacij za nekatere termodinamske lastnosti modelnega sistema z eksperimentalnimi rezultati alkohola iz literature, smo preučili, kako dobro izbran model opiše raziskovani sistem. Ugotovili smo, da je uporabljeno polje sil TraPPE–UA nekoliko boljše opisalo primarne alkohole kot sekundarne alkohole. Zanimale so nas tudi strukturne lastnosti alkoholov, zato smo iz rezultatov simulacije izračunali radialne in prostorske porazdelitvene funkcije, na njihovi osnovi pa še povprečno število vodikovih vezi na hidroksilno skupino alkohola. Izkazalo se je, da lahko v povprečju največ vodikovih vezi tvorijo molekule primarnih alkoholov. Porazdelitev intramolekularnih razdalj od atoma C1 do C4 pri različnih modelnih alkoholih je zanimivo pokazala tudi to, da je rotacija terc-butilne skupine okoli vezi med atomoma C2 in C3 v modelu očitno zelo omejena.20222022-08-30 12:10:00Diplomsko delo/naloga139088VisID: 21808COBISS_ID: 122143747sl