Opredelitev diagnostičnega potenciala in vloge izbranih krožnih RNA pri hepatocelularnem karcinomuRazpotnik, Rok (Avtor) Režen, Tadeja (Mentor) Krožne RNAhepatocelularni karcinomRNA vezavni proteinidiagnostični potencialYBX1Hepatocelularni karcinom (HCC) je najpogostejši tip primarnega raka jeter in je drugi najpogostejši vzrok smrti, povezane z rakavim obolenjem na svetovni ravni. Glavni razlog za nizek odstotek preživetja je pozno odkritje bolezni, pri čemer igra glavno vlogo pomanjkljiva diagnostika predvsem v zgodnjih stadijih bolezni. Krožne RNA (circRNA) so medtem že pokazale pomembno vpletenost v patologijo HCC. Osrednji namen doktorskega dela je bila opredelitev diagnostičnega potenciala ter vloge izbranih krožnih RNA v hepatocelularnem karcinomu. Z analizo objavljenih transkriptomskih podatkov bolnikov s HCC smo identificirali obogatene prepoznavne motive za RNA vezavne proteine (RBP) v okolici spojitvenih mest spremenjeno izraženih circRNA. Identificirani RBP bi lahko predstavljali potencialne regulatorje izražanja circRNA v HCC. Poleg tega smo z analizo objavljenih transkriptomskih podatkov identificirali povišano in znižano izražene circRNA v HCC, med drugim tudi povišano izraženo hsa_circ_0062682. S prehodno in stabilno spremembo izražanja hsa_circ_0062682 v modelnih celičnih linijah HCC smo pokazali vpletenost le-te v celične procese, kot so proliferacija, migracija, tvorba kolonij in invazija. Na modelnih celičnih linijah s spremenjenim izražanjem hsa_circ_0062682 smo izvedli transkriptomske analize ter identificirali spremenjeno izražene gene. Analizi obogatitve poti in genskih skupin sta identificirali obogatene poti (celični cikel, izrezovanje in spajanja RNA, metabolizem steroidov,…), signalne poti (TGF-beta, MAPK, PI3K-Akt, FoxO, TNF signalna pot) in transkripcijske faktorje (E2F1, Sp1, HIF-1?, NF?B1), ki bi lahko bili vpleteni v s hsa_circ_0062682-posredovano onkogenezo HCC. S testom »pull down« z biotiniliranimi oligonukleotidi, sklopljenim z masno spektrometrijo, smo identificirali nove potencialne proteinske vezavne partnerje. V nadaljnjem delu smo se osredotočili predvsem na interakcijo z YBX1, z znano onkogeno vlogo v HCC, in potrdili njuno interakcijo z RNA imunoprecipitacijo. Pri testih celične migracije, rezistence na multikinazni inhibitor sorafenib in lokalizacije proteina hnRNP K smo odkrili, da je vloga hsa_circ_0062682 odvisna od celičnega konteksta. Dodatno smo izmerili statistično značilno znižano izražanje hsa_circ_0062682 v tumorjih bolnikov s HCC, zdravljenih v slovenskih ustanovah, kar je v nasprotju s povišanim izražanjem hsa_circ_0062682 v bolnikih iz objavljenih transkriptomskih študij. Obe objavljeni študiji zajemata drugo populacijo bolnikov in najverjetneje druge etiološke dejavnike bolezni. Pridobljeni rezultati so v skladu s kompleksno heterogenostjo patologije HCC, kjer smo predpostavili, da sta izražanje in vloga hsa_circ_0062682 odvisni od podtipa tumorjev HCC. Diagnostičnega potenciala hsa_circ_0062682 v plazmi bolnikov s HCC v naši raziskavi nismo potrdili. V naši raziskavi smo tako ovrgli hipotezo, da izbrana circRNA izkazuje diagnostični potencial in omogoča razlikovanje med osebami s hepatocelularnim karcinomom ter kontrolnimi osebami v preučevani populaciji. Potrdili smo hipotezo, da izbrana circRNA deluje kot onkogen v modelnih celičnih linijah in vpliva na celično proliferacijo, invazijo in migracijo. Prav tako smo potrdili hipotezo, da izbrana circRNA vpliva na molekularne mehanizme, povezane z onkogenezo v hepatocelularnem karcinomu. Raziskava je tako identificirala nove potencialne regulatorje izražanja circRNA v HCC, ovrednotila vpliv hsa_circ_0062682 v modelnih celičnih linijah HCC, identificirala sistemske spremembe v transkriptomu in nove potencialne proteinske vezavne partnerje. Dodatno je izpostavila pomembnost vključevanja različnih modelnih sistemov HCC in kohort bolnikov z različnim podtipom tumorjev HCC.20222022-08-27 07:15:05Doktorsko delo/naloga138991VisID: 20704sl