Epidemiološke in klinične značilnosti hude gnilobe čebelje zalege v povezavi z genotipom Paenibacillus larvaeŽugelj, Alenka (Avtor) Zdovc, Irena (Mentor) ČebelemikrobiologijaPaenibacillus larvaediagnostikaizolacijagenotipizacijasekvenciranje celotnega genomaverižna reakcija s polimerazomasna spektrometrijaionizacija v matriksu z desorpcijo z laserjemPaenibacillus larvae je po Gramu pozitivna sporogena bakterija, ki povzroča hudo gnilobo čebelje zalege (HGČZ). Poznanih je pet genotipov ERIC, ki se med seboj razlikujejo tudi fenotipsko. Izolate P. larvae smo izolirali ob izbruhih bolezni v Sloveniji v letih 2017 – 2019. Skupaj z izolati smo pridobili tudi pripadajoče epidemiološke podatke. Za identifikacijo izolatov P. larvae smo validirali metodo masne spektrometrije MALDI TOF in s tem pohitrili in pocenili bakteriološko preiskavo. Kolonije P. larvae so na gojiščih rasle v obliki dveh osnovnih morfotipov. Ugotovili smo, da genotip ERIC I fenotipsko večinoma izraža morfotip I – sive hrapave kolonije, genotip ERIC II pa izraža morfotip II – gladke sive ali pigmentirane kolonije. Z metodo ERIC-PCR smo prvič tipizirali in ugotovili pojavnost genotipov ERIC v Sloveniji. Prevladoval je genotip ERIC II (70,2 %). Pri nekaterih izolatih genotipa ERIC I smo ugotovili nekoliko spremenjen profil pomnožkov ERIC, zato smo 59 izbranim izolatom genotipa ERIC I sekvencirali tudi celotne genome (WGS). Kljub odstopanjem od klasičnega profila ERIC I, smo po tipizaciji z metodo WGS in silico MLST pri vseh izolatih ugotovili isti sekvenčni tip ST2. Ko smo z metodo wgMLST primerjali zaporedja lokusov v celotnih genomih z zaporedji, dostopnimi v javnih podatkovnih zbirkah, so se vsi naši izolati filogenetsko razvrstili v klad ERIC I in gručo ERIC I-ST2. Z molekularnimi in fenotipskimi metodami smo potrdili prisotnost različnih morfotipov in genotipov P. larvae v enem kužnem krogu, celo v istem čebelnjaku. Rezultati anketnega vprašalnika so statistično potrdili značilne klinične znake za genotipa ERIC I in II, kljub številnim drugim naključnim dejavnikom, ki lahko vplivajo na izražanje klinične slike HGČZ, in jih v naši raziskavi nismo spremljali. V celotnih genomih izolatov P. larvae smo ugotovili prisotnost gruč genov za sintezo inhibitornih substanc. Z disk difuzijsko metodo smo ugotovili, da posamezni sevi genotipa ERIC I izločajo protimikrobne snovi, ki inhibirajo rast nekaterih po Gramu pozitivnih bakterij in kvasovke Malassezia pachydermatis. Vpeljane diagnostične metode in rezultati raziskave predstavljajo pomemben doprinos k razumevanju genetske raznolikosti povzročitelja P. larvae in proučevanju načinov širjenja HGČZ.20222022-06-05 07:15:04Doktorsko delo/naloga137191VisID: 20015sl