Napovedovanje veznih mest na proteinih s konvolucijsko nevronsko mrežoHafner Petrovski, Žan (Avtor) Bosnić, Zoran (Mentor) Hribar Lee, Barbara (Komentor) proteinligandvezno mestokonvolucijska nevronska mrežagručenjeProteini so molekule, ki so za živa bitja izjemnega pomena. Njihova naloga je, da sodelujejo pri bioloških procesih in da organizmom dajejo obliko, povzročijo pa lahko tudi različna bolezenska stanja - v teh primerih želimo vplivati na njihovo delovanje. S sodobnimi računalniškimi metodami lahko posamezne proteine natančno preučimo in na nekatera vprašanja odgovorimo brez zapletenih in dragih laboratorijskih postopkov. V tem delu se posvetimo iskanju lokacij na proteinih, na katere se lahko vežejo manjše molekule - ligandi. Pomembna motivacija tovrstnega raziskovanja je odkrivanje novih zdravil, saj lahko vezava liganda proteinu spremeni funkcionalnost, s tem pa zaustavi njegove negativne učinke na organizem. Za določanje veznih mest na proteinih uporabimo trirazsežno konvolucijsko nevronsko mrežo, ki upošteva strukturo proteina. Za množico podatkov izberemo proteine iz podatkovnih baz PDBbind in sc-PDB. Pri pripravi podatkov podobnim proteinom združimo informacije o vseh znanih ligandih in ne le izbranih, s čimer posplošimo metode že obstoječih raziskav. Rezultate napovednega modela analiziramo z različnimi metrikami in ugotovimo, da je za 54% večjih in farmakološko pomembnejših veznih mest napovedano središče od resničnega oddaljeno manj kot 4Å.20222022-05-14 08:15:02Magistrsko delo/naloga136676UDK: 004.42VisID: 123089COBISS_ID: 108055555sl