Modeliranje interakcij protein-RNA z uporabo globokih konvolucijskih nevronskih mrež nad grafiGregorc, Anže (Avtor) Curk, Tomaž (Mentor) molekulske interakcijestrojno učenjegloboke nevronske mrežekonvolucijske nevronske mreže nad grafiInterakcije protein-RNA sodelujejo v mnogih bioloških procesih. Modeliranje in preučevanje molekul proteinov in RNA nam tako lahko pomaga pri razumevanju medsebojnega delovanja proteinov in RNA. V magistrskem delu smo izdelali postopek napovedovanja interakcij protein-RNA na proteinu z uporabo konvolucijskih nevronskih mrež nad grafi. Podatke smo pridobili iz podatkovne baze PDB, jih predelali v strukturo grafa in vsakemu atomu dodali primerne značilke. Tako so podatki primerni za modele nevronskih mrež, ki delujejo nad grafi. Modele smo ovrednotili in prikazali rezultate z različnimi merami uspešnosti. Najboljši model dosega dobre rezultate (ROC AUC = 0,9). Implementirali smo tudi grafični vmesnik, ki v 3D prostoru prikaže strukturo proteinov in napovedana mesta interakcij z RNA.20212021-10-18 08:25:06Magistrsko delo/naloga132218VisID: 29001COBISS_ID: 83603715sl