Pristopi za izboljšanje kakovosti dolgih odčitkov sekvenciranjaKukenberger, Ana (Avtor) Jakše, Jernej (Mentor) genomsekvenciranjezaporedje DNAdolgi odčitkipopravljanje napakalgoritmiPri tehnologijah sekvenciranja dolgih odčitkov je kakovost odčitkov zaradi tehničnih razlogov mnogokrat slaba. Slabšo kakovost končnih odčitkov opravičujejo številne prednosti teh tehnologij. Vseeno pa odčitkov s tolikšno količino napak ne moremo uspešno uporabiti za nadaljnje analize. Za popravljanje napak uporabljamo temu namenjene algoritme, ki jih v splošnem delimo na dva tipa: hibridne in nehibridne. Hibridni mehanizmi za popravljanje napak za svoje delovanje uporabljajo tako dolge, kot tudi kratke odčitke ostalih tehnologij sekvenciranja. Največkrat temeljijo na principu popravljanja napak dolgih odčitkov, s pomočjo poravnave kratkih odčitkov visoke kakovosti. Nehibridni mehanizmi za popravljanje napak pa za svoje delovanje uporabljajo le dolge odčitke. Za določanje konsenzne sekvence uporabijo informacijo o prekrivanju dolgih odčitkov med sabo. Z uporabo algoritmov izboljšamo kakovost dolgih odčitkov. Za te algoritme pa ni dovolj, da le uspešno odpravljajo napake. Biti morajo tudi računsko zmogljivi in zmožni obdelave velike količine podatkov. Že danes lahko s pomočjo teh mehanizmov rešujemo probleme v sekvenciranju, ki jih pred nekaj leti še nismo mogli. Trenutni trend razvoja algoritmov za popravljanje napak kaže, da bodo le-ti v naslednjih nekaj letih še bolj zanesljivi in učinkoviti.[A. Kukenberger]20212021-09-08 07:16:26Diplomsko delo/naloga129781UDK: 601.4:577.212.3(043.2)VisID: 195447COBISS_ID: 75565571sl