Strategije iskanja kandidatnih efektorjev pri glivah iz rodu VerticilliumRozman, Špela (Avtor) Jakše, Jernej (Mentor) primerjalna genomikaefektorjistrategija iskanjaVerticiliumGlive rodu Verticillium so rastlinski patogeni, ki povzročajo bolezni pri velikem številu rastlin. Naravno odpornost na seve tipa 1 V. dahliae so odkrili v paradižniku Solanum lycopersicum (gen Ve1) na seve tipa 2 pa v paradižniku Solanum neorickii (gen V2). Glivne efektorje, ki jih prepoznata te dva gena so odkrili šele leta 2012 (Ave1) in 2020 (Av2). Metode uporabljene za identifikacijo efektorjev so bile DNA sekvenciranje, primerjalna genomika, transkriptomika, funkcionalne analize s koekspresijo, trasnformacijo in delecijo genov. Na podlagi podatkov o sekvenci gena so naredili tudi filogenetske študije, s katerimi so identificirali evolucijski izvor genov za efektorje. Ave1 so identificirali s primerjavo več genomov sevov V. dahliae tipa 1 in tipa 2 ter se osredotočili na dele genoma, ki so skupni vsem sevom tipa 1 in so odsotni v vseh sevih tipa 2. S transkriptomiko so določili, kateri geni znotraj te regije genoma se izražajo tekom okužbe rastline in nato s tarčno delecijo gena potrdili, da je res Ave1 gen, ki ga prepozna Ve1 in sproži rezistenco. Identifikacija Av2 je potekala po dveh scenarijih, saj ni bilo znano, ali sevi tipa 1 vsebujejo ta gen ali ne. Primerjali so genome sevov tipa 1 in 2 z genomi tipa 3, ki gena za Av2 nimajo. Tako so določili kandidatne gene in nato s koekspresijo in delecijo genov identificirali, kateri gen je V2.[Š. Rozman]20212021-09-08 07:15:40Diplomsko delo/naloga129771UDK: 582.282:601.4:575.111(043.2)VisID: 195437COBISS_ID: 75462915sl