Evolucijska analiza dipeptidil peptidaze IVarda, Nina (Avtor) Novinec, Marko (Mentor) oligomerizacijaevolucijastabilizacijaČloveška dipeptidil peptidaza I (DPPI) oz. katepsin C je encim, ki ga uvrščamo v družino papainu podobnih cisteinskih peptidaz. Njegovi posebni lastnosti sta izključitvena domena, ki omogoča njegovo eksopeptidazno aktivnost in tetramerizacijo, ter odvisnost encimske aktivnosti od kloridnega iona. Na njegovo tetramerizacijo vpliva tudi prisotnost glikozilacije. Ločen evolucijski razvoj DPPI se je najverjetneje začel s pridružitvijo eksopeptidazne domene in tvorbe funkcionalne monomerne eksopeptidaze. Namen dela je bil raziskati evolucijo DPPI, pri čemer smo se osredotočili na lastnosti, ki omogočajo tetramerizacijo. Analizirali smo stične površine med podenotami DPPI in identificirali aminokislinske ostanke, ki tvorijo vodikove vezi. Nato smo izvedli filogenetsko analizo 41 zaporedij DPPI in njegovih homologov. Aminokislinski ostanki, ki vežejo kloridni ion, so v vseh vrstah zelo dobro ohranjeni, iz česar smo zaključili, da je vezava kloridnega iona evolucijsko dobro ohranjena lastnost. Iz ohranjenosti glikozilacijskih vzorcev in ohranjenosti ostankov, ki tvorijo vezi med podenotami, smo zaključili, da se je oligomerizacija najverjetneje pojavila v razvojni liniji vretenčarjev. Med izvajanjem analiz smo ugotovili, da je bočna interakcija med podenotami znatno šibkejša od interakcije glava-rep (angl. head-to-tail), zato smo v drugem delu naloge to povezavo želeli stabilizirati. V ta namen smo identificirali tri najbolj primerne pare ostankov na interakcijski površini, ki bi po zamenjavi s Cys ostankom lahko tvorili disulfidne mostičke in tako stabilizirali interakcijo. Ugotovitve smo želeli preveriti tudi eksperimentalno, a zaradi netopnosti mutante vpliva teh mutacij nismo uspeli potrditi.20212021-09-06 12:41:20Diplomsko delo/naloga129650VisID: 14221COBISS_ID: 78758147sl