Odkrivanje redkih patoloških sprememb v kandidatnih genih za multiplo sklerozoTurk, Aleksander (Avtor) Peterlin, Borut (Mentor) Kunej, Tanja (Komentor) bioinformatikaGWASmultipla sklerozapot Wntredke patološke spremembeMultipla skleroza (MS) je nevrodegenerativna bolezen z okoljskimi in genetskimi dejavniki tveganja, vendar je njena etiologija slabo razumljena. Izvedene so bile že številne študije s pristopom GWAS (angl. genome-wide association study), vendar potrebujemo zanesljivejše označevalce na podlagi redkih genetskih različic. Z namenom boljšega razumevanja genetskih dejavnikov MS je bilo predhodno izvedeno eksomsko sekvenciranje pri treh skupinah preiskovancev: bolnikih z družinsko obliko MS, bolnikih s sporadično obliko in kontrolni skupini. V analizo smo zajeli različice nukleotidnega zaporedja v 938 genih, ki so bili z MS predhodno povezani s pristopom GWAS. Kriteriji za izbor genskih različic so bili naslednji: 1. frekvenca manj pogostega alela (angl. minor allele frequency; MAF) < 0,05, 2. ocena orodja CADD (angl. Combined annotation dependent depletion) ⡥ 20 ter 3. odsotnost različice v kontrolni skupini in prisotnost pri vsaj eni skupini bolnikov. Tem pogojem je ustrezalo 25 različic nukleotidnega zaporedja v 19 genih. Med njimi je pet genov vsebovalo več kot eno redko različico; gen SORBS2 je vseboval tri različice, medtem ko so AGAP2, CLEC16A, ELMO1 in RREB1 vsebovali dve različici. Z orodjema STRING in Enrichr smo ugotovili, da je teh 19 genov obogatenih v bioloških poteh, ki so povezane z MS, imunskim sistemom in avtoimunskimi boleznimi. Pet od 19 genov je povezanih z biološko potjo Wnt, in sicer: AHI1, AGAP2, KCNMA1, TCF7 in TNKS. Z odkrivanjem redkih patoloških različic smo v tej raziskavi izpostavili zanesljivejše kandidatne gene za razvoj MS in s tem prispevali k razvoju diagnostičnih tehnik v prihodnosti. Vlogo kandidatnih genov pri razvoju MS bo potrebno preveriti z dodatnimi funkcionalnimi analizami.[A. Turk]20212021-08-27 08:15:12Magistrsko delo/naloga129112UDK: 606:616.8:575.112(043.2)VisID: 194443COBISS_ID: 74513667sl