Populacijska genomika in varstvo jadranskega lipana Thymallus aeliani (Valenciennes, 1848) v reki SočiBravničar, Jernej (Avtor) Snoj, Aleš (Mentor) Sušnik Bajec, Simona (Komentor) živalska genetikasalmonidivarstvena genomikaThymallus aelianiadaptacijaselekcijavarovanjeddRADNGSlipanNamen doktorskega dela je bilo preveriti trenutno stanje populacij lipana v soškem porečju, oceniti stopnjo introgresije in dosedanje napore varovanja, ter izdelati izboljšan genotipizacijski test za določanje domorodnega genomskega deleža, ki bi temeljil na vrstno specifičnih SNP markerjih. Test smo izdelali na podlagi referenčnih muzejskih primerkov Thymallus aeliani (ki izvirajo iz obdobja pred antropogenimi prenosi) in sedanjih populacij te vrste iz reke Sesije in Adiže v primerjavi s populacijami vrste T. thymallus, ki predstavljajo vir poribljavanja areala jadranskega lipana iz donavskega porečja. Z metodo NGS ddRAD smo pridobili 112k polimorfnih jedrnih markerjev na 40k ddRAD-značkah. Test nam omogoča, da na podlagi 21k ddRAD-značk, ločimo domorodne alele jadranskega lipana iz reke Soče od tujerodnih alelov evropskega lipana iz reke Save. Ugotavljamo, da je sedanja populacija v porečju Soče roj križancev, pri katerih ne zaznamo več neprekinjenih domorodnih genskih kompleksov. Tekom raziskave smo v reki Soči opazili tudi znaten upad populacije lipana. Na podlagi naštetega ugotavljamo, da je reševanje jadranskega lipana v reki Soči mogoče le s prenosom genetsko skladne populacije iz reke Sesije, pri kateri smo odkrili celovit genom značilen za vrsto T. aeliani. Le majhen delež alelnih variant (3k/40k) značilen za domorodni genom jadranskega lipana iz reke Soče, ki smo ga odkrili pri muzejskih primerkih, ni prisoten pri lipanih iz Sesije. To nakazuje na visoko skladnost teh dveh populacij, vendar pa visok FST (0,37) na polimorfnih mestih, narekuje previdnost pri prenosu. Analize adaptivnih lokusov razkrivajo 58 potencialnih adaptivnih lokusov, kjer je frekvenca alelov med tema populacijama neskladna (FST' > 0). Povečini so ti lokusi vezani na imunski odziv in verjetno določajo odpornost na lokalno prisotne patogene.20212021-06-16 07:15:02Doktorsko delo/naloga127576VisID: 191245COBISS_ID: 68672003sl