Določanje metilacije DNA gena SLC6A4 pri žrtvah samomora s tehnologijo sekvenciranja naslednje generacijePucihar, Natalija (Avtor) Videtič Paska, Alja (Mentor) samomorepigenetikametilacija DNASLC6A4NGSČloveško vedenje oblikujejo genetski in okoljski dejavniki, ki vplivajo na pojavnost duševnih motenj in tudi samomorilnega vedenja. Znano je, da motnje v serotonergičnem sistemu lahko pomembno prispevajo k razvoju duševnih motenj, agresivnemu in impulzivnemu vedenju ter samomorilnemu vedenju. Številni raziskovalci so v svojih študijah pokazali, da imajo epigenetski mehanizmi, ki vplivajo na izražanje genov, potencialno vlogo pri samomorilnem vedenju. V nalogi smo preučevali stopnjo metilacije, ki je ena izmed epigenetskih modifikacij, gena SLC6A4, ki zapisuje za serotoninski transporter. Iz možganskih področij amigdale, insule, Brodmannovega področja 46 in hipokampusa ter krvi žrtev samomora in kontrolnih oseb smo izolirali DNA. To smo bisulfitno pretvorili in pripravili knjižnico tako, da smo z uporabo verižne reakcije s polimerazo (PCR) pomnožili izbrane dele otočka CpG kandidatnega gena ter del v njegovi bližini. Po PCR smo ustreznost pomnožkov preverili z agarozno gelsko elektroforezo in pomnožke očistili s paramagnetnimi kroglicami. Z uporabo tehnologije sekvenciranja naslednje generacije in statističnimi pristopi smo določili razliko v metilaciji posameznih citozinov pri žrtvah samomora glede na kontrolno skupino. Rezultati statistične obdelave metiliranih citozinov pomnožka SLC6A4_1 so pokazale, da je število statistično pomembnih metiliranih citozinov pri vseh štirih možganskih področjih in v krvi dokaj podobno. Stopnja metilacije pri žrtvah samomora glede na kontrolno skupino je bila v Brodmannovem področju 46, hipokampusu in v krvi znižana, v amigdali dokaj enaka, v insuli pa smo opazili povišano število metiliranih citozinov. Pri pomnožku SLC6A4_2 smo opazili, da je število statistično pomembnih metiliranih citozinov med preiskovanima skupinama oseb različno. V amigdali in insuli ni bilo opaženih statistično pomembnih metiliranih citozinov, v Brodmannovem področju 46 je bila stopnja metilacije citozinov pri žrtvah samomora glede na kontrolno skupino znižana, v hipokampusu pa zvišana. V krvi je vzorec metilacije mešan. Hipotezo, da obstajajo statistično pomembne razlike v stopnji metilacije DNA SLC6A4 med možganskimi področji in v krvi skupine žrtev samomora in kontrolne skupine smo potrdili, vendar pa so te razlike sorazmerno nizke.20212021-02-24 12:30:01Magistrsko delo/naloga124858VisID: 6225COBISS_ID: 53186307sl