Interakcija med period 2 in konstitutivnim androstanskim receptorjemMartini, Tomaž (Avtor) Mlinarič-Raščan, Irena (Mentor) Rozman, Damjana (Komentor) protein period 2 cirkadiani ritem androstanski receptor encimska aktivnost plazmidiProtein period 2 (PER2) je eden izmed ključnih akterjev tvorbe cirkadianih ritmov v sesalskih celicah, medtem ko je konstitutivni androstanski receptor (CAR) eden ključnih elementov metabolizma lipofilnih molekul, saj z njimi interagira, kar sproži izražanje citokromov P450, ki so odgovorni za oksidacijo teh lipofilnih molekul. Cilj diplomske naloge je bil ugotoviti, ali obstaja interakcija med proteinoma PER2 in CAR, ki bi povezala metabolizem in cirkadiani ritem. Za dosego cilja smo izvedli kotransfekcije mišjih hepatokarcinomskih Hepa 1-6 celic s plazmidoma, ki kodirata PER2 in CAR, in spremljali spremembe v izražanju izbranega gena cirkadianega ritma – Bmal1. Sprememba izražanja tega gena pomeni spremembo v cirkadianem ritmu.Bmal1 smo sklopili z genom za luciferazo. Encimska aktivnost luciferaze nam je služila kot merilo izražanja Bmal1. Izražanje Bmal1 se je po kotransfekciji celic s Per2 in Car povečalo. Možnost neposredne interakcije med period 2 in konstitutivnim androstanskim receptorjem smo preverili tudi in silico z iskanjem zaporedij, prek katerih bi lahko proteina interagirala. Ker je PER2 koaktivator jedrnih receptorjev, smo analizirali njegovi LXXLL zaporedji, pregledali in analizirali pa smo tudi LXXLL zaporedja znanih koaktivatorjev CAR. Ugotovili smo, da obstaja podobnost med drugim LXXLL zaporedjem PER2 in LXXLL zaporedji znanih koaktivatorjev CAR. Na podlagi tega pregleda in analize smo s pomočjo upoštevanja strukturnih podobnosti LXXLL zaporedij in silico ustvarili LXXLL zaporedje PER2. Ob upoštevanju znanih kristalnih struktur jedrnih receptorjev in koaktivatorjev smo predlagali način neposredne interakcije med proteinoma, predlog pa smo podkrepili tudi z molekulsko dinamiko. Predlagali smo metode za izdelavo in silico modela kompleksa CAR in večjega strukturnega dela PER2 okrog drugega LXXLL zaporedja. Takšne strukture PER2 še ni na voljo. Omenjen model bi lahko tudi dodatno potrdil našo predlagano neposredno interakcijo med PER2 in CAR.[T. Martini]20152020-09-29 11:44:34Diplomsko delo121049UDK: 576.3:616-074(043.2)COBISS_ID: 3947889sl