Bioinformacijska analiza genomov talnih izolatov Bacillus subtilisMurovec, Urška (Avtor) Mandić Mulec, Ines (Mentor) Štefanič, Polonca (Komentor) Bacillus subtilissorodstvena diskriminacijagenomikabioinformacijska analiza genomovBacillus subtilis so paličaste po Gramu pozitivne bakterije, ki so sposobne razlikovanja med visokosorodnimi (»kin«) in manj sorodnimi sevi (»non-kin«) iste vrste. Fenotip prepoznavanja se odraža v nastanku mejne linije ob srečanju dveh rojev različnih sevov. V mehanizem prepoznavanja so vključeni različni sistemi: antibiotiki in toksini, proteini CDI, molekule na celični površini in mobilni elementi (npr. fagi). Namen magistrske naloge je bil analizirati genome in gene, ki so vključeni v sorodstveno razlikovanje (geni KD) pri 21 sevih Bacillus subtilis subsp. subtilis ter na osnovi 8 hišnih genov določiti njihovo filogenijo. Predvidevali smo, da bodo filogenetsko bolj sorodni sevi pokazali večjo podobnost tudi na nivoju genov KD tako na nivoju nukleotidne identitete kot na nivoju prisotnosti/odsotnosti teh genov. Fasta datoteke 21-ih genomov B. subtilis smo z algoritmom BWA-SW prilegali na referenčni genom B. subtilis 168 in iskali potencialne gene KD v programu IGV, izolirali zaporedja teh genov in tudi hišnih genov ter skonstruirali dendrograme podobnosti v MEGAX in R. Pokazali smo, da je analiza genov KD na podlagi sekvenčne podobnosti sovpadala s filogenijo, ki smo jo pridobili na podlagi 8-ih hišnih genov. Prav tako smo ugotovili, da dendrogram narejen na podlagi odsotnosti/prisotnosti genov v sevih korelira s KD-fenotipi sevov pri rojenju.[U. Murovec]20202020-09-13 07:16:55Magistrsko delo/naloga119912UDK: 579.22/.26:579.852.11:575.111VisID: 180199COBISS_ID: 32529411sl