Filogenetska analiza proteinov družine FET pri sesalcihPolanec, Klementina (Avtor) Župunski, Vera (Mentor) FUSEWSTAF15filogenijadomena QGSYProteini družine FET (proteini FUS, EWS in TAF15) so RNA- in DNA-vezavni proteini, ki v celicah opravljajo številne funkcije. Na več nivojih regulirajo izražanje genov, vzdržujejo stabilnost mRNA in tvorijo stresna zrnca. Primarno so proteini jedrni, lahko pa prehajajo tudi v citoplazmo. Razporeditev domen je pri vseh proteinih enaka, prav tako pa so vsem z bioinformatskimi metodami določili prionom podobno domeno. Mutacije proteinov FET so povezane z nekaterimi nevrodegenerativnimi boleznimi, zato so pomembno področje za raziskovanje. Za bolezensko stanje so značilni proteinski agregati v citoplazmi, proteini pa s tem pridobijo toksično funkcijo ali pa izgubijo svoje normalne funkcije. V okviru diplomske naloge smo z različnimi bioinformatskimi metodami analizirali proteine družine FET. S pomočjo filogenetske analize smo preučili njihovo evolucijo znotraj sesalcev in jo primerjali z evolucijo sesalskih vrst. Ugotovili smo, da se filogenetski odnosi posameznih proteinov FUS, EWS in TAF15 v glavnem ujemajo z evolucijo sesalskih vrst. Analizo evolucije smo pri proteinu FUS razširili tudi na vretenčarje, vendar so bile vrednosti pristopa ponovnega vzorčenja (angl. bootstrap) prenizke, da bi bili evolucijski odnosi zanesljivi. Ugotovili smo, da so se geni, ki zapisujejo proteine FET, podvojili že pred nastankom posameznih sesalskih vrst. Prav tako smo analizirali ohranjenost domene QGSY proteina EWS pri vretenčarjih in potrdili, da je tirozin bolj ohranjen kot preostale aminokisline, ki se v domeni pojavijo podobno pogosto. Poleg tirozina smo kot pogosto ohranjenega identificirali tudi glutamin. Analizo o ohranjenosti aminokislin znotraj domene QGSY bi lahko še nadgradili, tako da bi jo razširili še na preostala proteina družine FET.20202020-09-10 08:00:01Diplomsko delo/naloga119592VisID: 10244COBISS_ID: 30669571sl