Molekularna in filogenetska opredelitev slovenskih izolatov človeškega virusa imunske pomanjkljivostiLunar, Maja (Avtor) Poljak, Mario (Mentor) HIVmolekularna epidemiologijafilogenetska analizarekombinantne oblikeČloveški virus imunske pomanjkljivosti (angl. human immunodeficiency virus, HIV) sodi med genetsko najbolj raznolike viruse. V doktorski disertaciji smo želeli določiti značilnosti epidemije HIV v Sloveniji in opredeliti slovenske izolate. V raziskavo smo vključili več kot polovico vseh novo odkritih HIV-pozitivnih oseb v Sloveniji v različnih časovnih obdobjih. Potrdili smo, da podtip B ostaja najbolje zastopan podtip v Sloveniji, določili smo ga v več kot 80 % izolatov. Odkrili smo, da je epidemija podtipa B v Sloveniji predvsem na račun lokalnega širjenja, saj je večina posameznikov (66 %) pripadala večjim filogenetskim skupinam. Pri osebah, ki so pripadale velikim filogenetskim skupinam smo našli statistično značilno povezavo z naslednjimi dejavniki: osebe so navedle Slovenijo kot državo, kjer so se najverjetneje okužile s HIV; diagnoza okužbe s HIV je bila postavljena po letu 2004; in pri osebah nismo odkrili mutacij povezanih z odpornostjo HIV. Statistično značilne povezave pripadnosti velikim filogenetskim skupinam s homo/biseksualnim načinom okužbe in nedavno okužbo nismo zaznali. Kljub temu je več kot polovica velikih filogenetskih skupin vključevala le posameznike moškega spola in dve filogenetski skupini le posameznike iz skupine moških, ki ima spolne odnose z moškimi (MSM). Izvor najstarejše velike filogenetske skupine smo določili v letu 1986 in s tem ocenili začetek epidemije podtipa B v koncu 80-ih let. Podtipi ne-B so bili redkeje zastopani, najpogostejši je bil podtip A. Dve tretjini oseb okuženih s podtipom ne-B je poročalo heteroseksualni način prenosa, za razliko od le 11 % oseb okuženih s podtipom B. Poleg tega smo okužbo s podtipom ne-B zasledili statistično značilno pogosteje med ženskami in imigranti in med osebami, ki so navajale okužbo znotraj partnerskega razmerja. Izbranim izolatom z neopredeljivim podtipom smo določili skoraj-celotno zaporedje genoma HIV in ga opredelili. Pridobili smo 11 skoraj-celotnih genomov HIV in dve zaporedji z dolžino > 7.000 baznih parov. Sedem zaporedij smo opredelili kot znane podtipe HIV ali krožeče rekombinantne oblike (angl. Circulating Recombinant Forms, CRF). Preostalih šest zaporedij smo opredelili kot enkratne rekombinantne oblike (angl. Unique Recombinant Forms, URF); pri štirih smo opazili le en dogodek rekombinacije, dve zaporedji sta imeli kompleksno sestavo in je njun genom vključeval več različnih podtipov, CRF in regij neznanega izvora. Tri zaporedja smo prepoznali kot epidemiološko pomembna in bi jih lahko v nadaljnjih raziskavah opredelili kot nove CRF.20202020-07-15 07:15:09Doktorsko delo/naloga117531VisID: 13216COBISS_ID: 24491523sl