Identifikacija membranskih substratov cisteinskih katepsinov na celični liniji raka dojke SK-BR-3Tršavec, Bine (Avtor) Turk, Boris (Mentor) odcep ektodomenekatepsinirakCisteinski katepsini so proteaze, ki jih najdemo v lizosomih in sodelujejo pri znotrajcelični razgradnji proteinov. V patoloških pogojih, med katere spada tudi rak dojke, jih celice izločajo tudi v izvencelični prostor. Pomemben molekularni mehanizem, ki je povezan z razvojem raka je odcep ektodomene transmembranskih proteinov. Med proteaze, ki odcepljajo ektodomene, spadajo tudi nekateri predstavniki cisteinskih katepsinov. Za modeliranje delovanja proteaz in s tem podrobnejše razumevanje njihove vloge pri odcepu ektodomen na celični površini je potrebna identifikacija nabora substratov posameznih proteaz na različnih celičnih linijah. Celična linija raka dojke SK-BR-3 ima HER2 pozitiven fenotip, ki v povezavi z odcepom ektodomene s katepsini še ni bil raziskan. S pomočjo proteomske analize z masnim spektrometrom smo na površini celic omenjene celične linije identificirali 45 proteinskih substratov katepsinov K, L in S. Za primerjavo rezultatov smo naredili prenos western s protitelesi proti pleksinu B2, EGFR in HER2 na celičnih linijah MDA-MB-231 in SK-BR-3. Kljub različni stopnji izražanja HER2 pri omenjenih celičnih linijah, razlike pri odcepu ektodomene s prenosom western nismo uspeli potrditi. Vpliv obdelave s katepsini na nivoju celičnih funkcij smo analizirali s testoma migracije Transwell test in test s celjenjem rane na celičnih linijah MDA-MB-231 in SK-BR-3. Iz rezultatov migracijskih testov nismo mogli potrditi hipoteze o vplivu obdelave s katepsini na migracijo celic SK-BR-3.20202020-05-26 12:30:04Magistrsko delo/naloga116517VisID: 5033COBISS_ID: 17098755sl