Osamitev in molekularna karakterizacija bakterije Clostridium difficile iz vzorcev kompostnikov.Prša, Nuša (Avtor) Starčič Erjavec, Marjanca (Mentor) Janežič, Sandra (Komentor) Clostridium difficilebiološki odpadkikompostniksonikacijamolekularna karakterizacijaPCR-ribotipizacijatoksinotipizacijaClostridium difficile (Clostridioides difficile) je po Gramu pozitivna, anaerobna bakterija, ki tvori odporne spore in je ena najpomembnejših človeških in živalskih patogenov. Bakterijo pogosto povezujemo z bolnišničnimi okužbami, v zadnjih letih pa se povečuje število okužb tudi v domačem okolju. Spore bakterije C. difficile najdemo tudi v naravnih okoljih, gospodinjstvih in hrani. Namen magistrskega dela je bil ugotoviti in spremljati pogostnost in raznolikost genotipov bakterije C. difficile v vzorcih komposta. Vzorčili smo dva kompostnika v več časovnih točkah in na 5 različnih vzorčnih mestih ter tako pridobili 45 vzorcev komposta. Pri izolaciji C. difficile iz pridobljenih vzorcev smo uporabili dva pristopa: direktno metodo in metodo s sonikacijo. Za molekularno karakterizacijo izolatov smo uporabili PCR-ribotipizacijo in toksinotipizacijo. Bakterijo C. difficile smo izolirali iz 38 vzorcev komposta (84,4 %). Skupno smo izolirali 906 izolatov, ki smo jih uvrstili v 35 različnih PCR-ribotipov. Toksigenih je bilo 77,1 % PCR-ribotipov, ki so pripadali v toksinotipe 0, 0/v, III, V in VIII. Najpogostejši PCR-ribotipi C. difficile v vzorcih komposta so bili 018, 014/020 in SLO 057. Za osamitev bakterije je smiselno, da se uporabita obe metodi, tako direktna metoda, kot metoda s sonikacijo. Naši rezultati potrjujejo, da je kompost lahko potencialni vir okužbe z bakterijo C. difficile, saj je le-ta v vzorcih komposta prisotna v velikem deležu. Prav tako v kompostu najdemo različne PCR-ribotipe C. difficile, ki se prekrivajo s PCR-ribotipi pri ljudeh, živalih, okolju in živilih v Sloveniji.[N. Prša]20202020-01-29 07:45:22Magistrsko delo/naloga113715UDK: 579.67:579.852.13:631.879.4VisID: 175601COBISS_ID: 5167224sl