Genotipska opredelitev ESBL in AmpC pozitivnih sevov bakterij vrste Escherichia coli, izoliranih iz perutnine v izbranih rejahŠabić, Edita (Avtor) Ambrožič Avguštin, Jerneja (Mentor) Zorman Rojs, Olga (Komentor) Escherichia coliESBLAmpCgenotipizacijakonjugacijaperutninaEscherichia coli je komenzalna bakterija v prebavnem traktu toplokrvnih živali, ki lahko s pridobitvijo genskih zapisov za različne dejavnike virulence kolonizira tudi druga tkiva in organske sisteme ter povzoči raznolika bolezenska stanja. Vse več patogenih sevov E. coli ima poleg dejavnikov virulence tudi gene, ki jim omogočajo odpornost proti protimikrobnim učinkovinam. Še posebno problematične so ß-laktamaze iz skupin ESBL, AmpC in karbapenemaze. Cilj magistrske naloge je bil ugotoviti prisotnost, porazdelitev in dinamiko širjenja genskih zapisov za encime iz skupine ESBL in AmpC v izbranih perutninskih rejah. Izolate iz zbirke fenotipsko opredeljenih ESBL- in AmpC-pozitivnih sevov E. coli, vzorčenih v perutninskih rejah v Sloveniji, smo uvrstili v klonalne in filogenetske skupine in pri vsakemu preverili prisotnost 20 genov za dejavnike virulence. Za 64 izolatov, ki smo jih uvrstili v 39 klonalnih skupin, smo genotipsko potrdili prisotnost zapisov za encime iz skupine ESBL in AmpC. Največ (40,3 %) izolatov je imelo alel blaSHV-12, za 29,2 % izolatov pa smo potrdili prisotnost blaCMY-2. Poleg tega smo v 28 izolatih potrdili prisotnost plazmidno zapisanega gena qnrS, ki je povezan z nizko ravnjo odpornosti proti fluorokinolonom. Večina qnrS-pozitivnih izolatov je hkrati imelo tudi alel blaSHV-12, zato smo predvidevali, da je plazmidno zapisan in se širi predvsem s horizontalnim genskim prenosom. S konjugacijo smo ugotovili relativno nizko (10-4-10-8) frekvenco prenosa konjugativnih plazmidov. Iz transkonjugant smo izolirali pDNA, jo razrezali in med seboj primerjali plazmidne restrikcijske profile. Ugotovili smo, da se plazmid s qnrS in blaSHV-12 širi v rejah predvsem horizontalno, s konjugacijo. Geni blaCTX-M se znotraj rej širijo predvsem vertikalno.[E. Šabić ]20192019-09-22 07:47:56Magistrsko delo/naloga111078UDK: 579.25:579.842.1/.2:577.2VisID: 169881COBISS_ID: 5100920sl