Konjugativni plazmidi in filogenetske skupine sevov bakterije Escherichia coli, izoliranih iz perutnineLovšin, Žana (Avtor) Ambrožič Avguštin, Jerneja (Mentor) Zorman-Rojs, Olga (Komentor) biologijaEscherichia coliperutninakonjugativni plazmidiodpornost proti protimikrobnim učinkovinamfilogenetske skupinedejavniki virulenceAnalizirali smo 106 izolatov bakterije Escherichia coli, ki so jih osamili na Veterinarski fakulteti Univerze v Ljubljani iz vzorcev pridobljenih na različnih perutninskih farmah v Sloveniji. Pri 35,85 % izolatov smo potrdili prisotnost konjugativnih plazmidov, ki posredujejo fenotipsko odpornost proti ampicilinu, tetraciklinu, cefotaksimu, kloramfenikolu ali trimetoprimu, proti ciprofloksacinu in kolistinu ni bil odporen noben izolat. Največ konjugativnih plazmidov smo dokazali v izolatih iz zraka, fecesa in krme v hlevih, najmanj pa pri jatah s kolibacilozo (visok pogin). Za potrditev pravih transkonjugant smo uporabili različne molekularne metode, vključno z ugotavljanjem filogenetske skupine in profilov ERIC-PCR donorja in transkonjugant. V povezavi s filogenetskimi skupinami smo primerjali tudi prvotni in prenovljeni protokol za razvrščanje E. coli v skupine. Med drugim smo ugotovili, da se nekateri izolati, iz prvotne skupine A1 s prenovljenim premestijo v skupino C, kar nam olajša razlikovanje med donorji in transkonjugantami. Skupaj je bilo v druge skupine premeščenih 26,42 % izolatov. Zaradi možne povezave med uvrstitvijo v filogenetsko skupino in prisotnostjo nekaterih genov za dejavnike virulence smo analizirali prevalenco izbranih genov z zapisom za adhezine, sisteme za privzem železa, izogibanje imunskemu sistemu, toksine in porin pri izolatih v posamezni filogenetski skupini. Ugotovili smo, da je bilo največ izolatov z dejavniki virulence iz skupine B2, najmanj pa iz skupine A. Zanimiva je skupina F, v kateri so večinoma izolati iz jat s kolibacilozo (visok pogin), ki imajo zapise za več dejavnikov virulence hkrati. Med najpomembnejšimi so sistemi za privzem železa; pri vseh izolatih skupine F so namreč prisotni kar trije. Zanimivo je tudi, da iz te skupine ni bilo nobenega izolata, iz katerega bi s konjugacijo lahko prenesli genski zapis/e za odpornost.20192019-09-13 07:45:37Magistrsko delo/naloga110245VisID: 168354COBISS_ID: 5330767sl