Preverjanje napovedi heličnosti nestrukturiranih peptidov z eksperimentalnimi podatkiPurič, Samo (Avtor) Lah, Jurij (Mentor) Intrinzično nestrukturiran proteinα-vijačnicaAGADIRZa intrinzično nestrukturirane proteine (IDP-je, angl. »Intrinsically disordered proteins«) je značilna odsotnost enoznačno definirane 3D strukture. Njihova prostorska razporeditev se konstantno spreminja, pri določenih pogojih jih tako najdemo kot nabor različnih konformacijskih oblik, med katerimi, energijsko gledano, nobena zelo ne izstopa. Neurejena je lahko tudi samo regija oziroma domena proteina (IDR, angl. »Intrinsically disordered region«). Zardi svoje funkcionalnosti so IDP-ji udeleženi v signalizaciji, regulaciji in drugih celičnih procesih. Najbolj pogost strukturni element ki ga najdemo v IDP-jih (in tudi ostalih proteinih) je α-vijačnica. V tem diplomskem delu smo se osredotočili na algoritem AGADIR, ki se uporablja za napovedovanje vsebnosti α-vijačnice v monomernih peptidih na osnovi analize aminokislinskega zaporedja. Zbrali smo eksperimentalne podatke heličnosti peptidov IDP-jev pri katerih zaznamo težnjo po tvorjenju α-vijačnice iz literature (CD spektri) in te vrednosti primerjali z napovedjo algoritma AGADIR. Poleg tega smo opravili tudi analizo aminokislinskih zaporedij peptidov na podlagi lastnosti posameznih ak-ostankov in prešteli interakcije stranskih skupin ak-ostankov. Kot referenčen set podatkov smo uporabili sedem alaninskih peptidov, s pomočjo katerih je algoritem AGADIR umerjen. Na podlagi rezultatov lahko zaključimo, da AGADIR delež α-vijačnice v peptidih IDP-jev močno podceni, vendar pa z veliko večjo natančnostjo napove vsebnost α-vijačnice v alaninskih peptidih. Rezultati analize sekvenc in interakcij stranskih skupin kažejo na to, da AGADIR najverjetneje podceni ugodne energijske prispevke določenih interakcij, ki pripomorejo k stabilnosti α-vijačnice.20192019-09-09 12:45:05Diplomsko delo/naloga109872VisID: 6530COBISS_ID: 1538408899sl