Primerjava bioinformacijskih orodij za de-novo in z genomom vodeno sestavljanje prepisanih genovJelovšek, Petra (Avtor) Jakše, Jernej (Mentor) bioinformatikabioinformacijska orodjatranskriptomikasekvenciranjegenomV dobi hitrega napredka orodij za sekvenciranje nove generacije so bioinformatska orodja za obdelavo velike količine podatkov, ki ob tem nastane izrednega pomena. V zadnjih letih se vedno bolj uveljavlja metoda RNA-seq za raziskave v transkriptomiki. Pri tem nastanejo kratki odčitki, ki pa jih je potrebno v nadaljevanju sestaviti v najbolj verjetno obliko prepisanega gena. Pri sestavljanju prepisanih genov poznamo dva pristopa. Prvi je z genomom vodeno sestavljanje prepisanih genov, pri čemer odčitke poravnamo z referenčnim genomom. Drugi pristop pa je sestavljanje prepisanih genov de-novo, pri katerem odčitke sestavljamo brez referenčne matrice. Oba pristopa imata tako prednosti kot slabosti. Z genomom vodeno sestavljanje je primerno za sestavljanje prepisanih genov modelnih organizmov. Pri teh so genomi dobro anotirani in jih lahko uporabimo kot referenco za poravnavo odčitkov. Pristop de-novo pa je bolj primeren za organizme katerih genomov ne poznamo, še niso sekvencirani. Namen tega diplomskega dela je predstavitev obeh pristopov, pregled nekaterih orodij ter primerjava le teh.[P. Jelovšek]20192019-09-06 07:45:15Diplomsko delo/naloga109586UDK: 601.4:575.116.4:577.212.3:575.112:004(043.2)VisID: 167390COBISS_ID: 9366137sl