Kartiranje epitopov monoklonskih in poliklonskih protiteles proti protrombinuJud, Laura (Avtor) Lunder, Mojca (Mentor) Žigon, Polona (Komentor) Protitelesa proti protrombinumetoda bakteriofagnega prikazakartiranje epitopovprotrombinAntifosfolipidni sindrom je sistemska avtoimunska bolezen posredovana z antifosfolipidnimi protitelesi, za katero so značilne venske in arterijske tromboze različnih segmentov obtočil ter zapleti v nosečnosti. V heterogeno skupino antifosfolipidnih protiteles sodijo protitelesa usmerjena proti različnim plazemskim proteinom, ki se v serumu bolnikov določajo s specifičnimi imunskimi testi ali testi koagulacije. V diplomski nalogi smo se osredotočili na protitelesa proti protrombinu z namenom določitve njihovega vezavnega mesta na protrombinu. Z metodo bakteriofagnega prikaza smo iz knjižice dodekapeptidov, izraženih na bakteriofagih, izvedli selekcijo bakteriofagov, ki so izkazovali vezavo na izolirana protitelesa proti protrombinu. Izolirane bakteriofage smo ovrednotili s testom ELISA, izbranim fagom smo izolirali DNA ter jim določili aminokislinsko zaporedje peptidov, predstavljenih na površini teh klonov. Dobljena aminokislinska zaporedja dodekapeptidov smo nato prilegali na terciarno strukturo protrombina. Določili smo štiri različne motive peptidov, dva motiva peptidov, ki smo jih pridobili v selekciji na poliklonskih protitelesih (eden od teh se je pojavil v predhodnih študijah) in dva motiva peptidov, ki smo jih pridobili v selekciji na monoklonskih protitelesih. S prileganjem peptidov na kristalne strukture protrombina smo predvideli epitopska mesta. Prišli smo do zaključka, da konformacija protrombina pomembno vpliva na katero domeno se bodo vezala protitelesa. Pri zviti konformaciji protrombina (4O03) smo z algoritmom predvideli epitope na domeni serinske proteaze in domeni »kringle«-2, medtem ko je algoritem enake peptide na nezvito obliko protrombina (6BJR in 4NZQ) prilegal na različne domene.20192019-09-05 08:35:02Diplomsko delo/naloga109531VisID: 69226sl