Prepoznava proteinov bakterije Aggregatibacter actinomycetemcomitans, ki se specifično vežejo na RNAFriškovec, Sara (Avtor) Butala, Matej (Mentor) Aggregatibacter actinomycetemcomitansparodontitisRNA vezavni proteinimolekularne interakcijeprotein DnaKBakterija Aggregatibacter actinomycetemcomitans je glavni povzročitelj lokaliziranega agresivnega parodontitisa (LAP). Pri tej bolezni pride do hitrega uničenja obzobnega tkiva in se pogosto pojavi že pri najstnikih. Interakcije med proteini in molekulami RNA imajo ključno vlogo pri sintezi proteinov, kar vodi v spremembo delovanja celic. Bioinformatska analiza je predhodno nakazala, da bakterija A. actinomycetemcomitans sintetizira proteine, ki bi lahko interagirali z gostiteljevimi molekulami RNA. Naš cilj je bil analizirati interakcijo proteinov DnaK, HU, YjgF in Pnp te bakterije z molekulami evkariontske RNA. Ti proteini so bili prepoznani v zunanjih veziklih, ki se sproščajo iz bakterije in predvidoma vežejo molekule RNA. Izolirali smo rekombinantne proteine in celokupno RNA iz humane celične linije. Interakcijo protein-RNA smo poskušali analizirati s predhodno vezavo posameznega proteina na stacionarno fazo, Ni-NTA agarozo, nato smo dodali celokupno RNA izolirano iz evkariontske celične linije in vezano RNA eluirali z elucijskim pufrom za izolacijo RNA. V nadaljevanju smo molekule mRNA prevedli v molekule cDNA. Tako izvedena afinitetna izolacija tarčnih molekul RNA se je izkazala za zahtevno in s to metodo nismo dokazali vezave izbranih proteinov na molekule RNA. V nadaljevanju študije smo se posvetili analizi vezave proteina DnaK z molekulami RNA. Meritve triptofanskega spektra proteina DnaK, v prisotnosti ali odsotnosti molekul RNA nam nakazujejo, da pride do vezave. Predvidevamo, da RNA z vezavo na protein DnaK spremeni konformacijo proteina tako, da se aminokislinski ostanek triptofan proteina DnaK izpostavi na površini.[S. Friškovec]20192019-06-10 15:15:55Magistrsko delo/naloga107955UDK: 579.873:577.2.088:575.112VisID: 163825COBISS_ID: 5060216sl