Opredeljevanje patogenosti izolatov Escherichia coli, osamljenih iz blata bolnikov z drisko, z uporabo komercialnega kompleta »Diarrhoeagenic E. coli PCR kit«Brišar, Nuša (Avtor) Pirš, Mateja (Mentor) Escherichia coličrevesna obolenjaEPECVTECEAECDAECETECEIECantigeni Ovzorci blatabolniki z driskoizvenbolnišnično okoljepojavljanje okužbgojišče UriSelectmolekularne metodePCRserotipizacijaBakterija Escherichia coli se nahaja kot komenzal v črevesju ljudi in jo lahko izoliramo iz blata večine ljudi, obstajajo pa tudi patogeni sevi E. coli. Nekateri med njimi povzročajo črevesna obolenja (angl. intestinal pathogenic E. coli, IPEC) oz. diareagene E. coli (angl. diarrheagenic E. coli, DEC). DEC delimo na šest glavnih patotipov: enterohemoragična oz. verotoksigena E. coli (EHEC oz. VTEC), enterotoksigena E. coli (ETEC), enteroinvazivna E. coli (EIEC), enteropatogena E. coli (EPEC), enteroagregativna E. coli (EAEC) in difuzno adherentna E. coli (DAEC). Namen magistrske naloge je bil ugotoviti, kako pogosto se pojavljajo klinično najpomembnejši patotipi DEC (knDEC) med izolati E. coli, osamljeni iz blata bolnikov s težje potekajočo drisko (ECB), pridobljeno v izvenbolnišničnem okolju, ki so potrebovali hospitalizacijo, in kontrolne skupine oseb brez driske (ECK). Preučevali smo 90 izolatov ECB in 40 izolatov ECK. Skupina bolnikov je bila nadalje razdeljena v skupino bolnikov, ki so drisko pridobili izven Evrope, ZDA ali Avstralije (ECBP), in bolnikov, ki so drisko pridobili v domačem okolju (ECBD). Z molekularno metodo PCR z uporabo komercialnega kompleta »Diarrhoeagenic E. coli PCR kit« proizvajalca SSI Diagnostica smo pri vseh 135 preučevanih izolatih iskali knDEC na podlagi značilnih molekularnih označevalcev (eltA, estA, vtx1, vtx2, eae in ipaH), s katerimi smo določili štiri glavne knDEC-patotipe – EIEC, EPEC, EHEC/VTEC, ETEC. Z metodo serotipizacije in naborom antiserumov proizvajalca SSI Diagnostica in Denka Seiken smo vsem izolatom knDEC določali serološko skupino O. Med izolati knDEC ECB smo zasledili EPEC – A/EEC (14/95 izolatov; 15 %) in ETEC (7/95; 7 %), med izolati knDEC ECK pa EPEC – A/EEC (7/40 izolatov; 18 %) in VTEC (2/40; 5 %). Izolatov EIEC nismo zaznali v nobeni skupini. Med izolati ECB in ECK ni bilo statistično pomembnih razlik v pojavnosti knDEC (p = 0,960), zato lahko našo hipotezo, da se knDEC pogosteje pojavljajo pri bolnikih s težje potekajočo drisko kot v kontrolni skupini, zavržemo. Med izolati knDEC ECBD smo zasledili EPEC – A/EEC (8/49 izolatov; 16 %) in ETEC (1/49; 2 %), med izolati knDEC ECBP pa EPEC – A/EEC (6/46 izolatov; 13 %) in ETEC (6/46, 13 %), razlike v pojavnosti med skupinama niso bile statistično pomembne (p = 0,365). Razlike v pojavljanju knDEC med ECBD in ECK niso bile statistično značilne (p = 0,521). Pri primerjavi pojavljanja izolatov knDEC med ECBP in ECK sicer ni bilo statistično značilnih razlik v pojavljanju knDEC (p = 0,699), opazili pa smo statistično značilno pogostejše pojavljanje patotipa ETEC med ECBP v primerjavi z ECK (p = 0,042). Primerjava naše študije z drugimi v Evropi ter z epidemiološkim spremljanjem okužb z E. coli v Sloveniji, ki jih izvaja NIJZ, je pokazala primerljive rezultate pojavljanja okužb s štirimi knDEC-patotipi – EIEC, EPEC, EHEC/VTEC, ETEC.[N. Brišar]20182018-12-20 07:45:29Magistrsko delo/naloga105846UDK: 579.61:616-092:577.2.083VisID: 163230COBISS_ID: 5010040sl