Genetsko ozadje uravnavanja biogeneze mitohondrijevRenčelj, Andrej (Avtor) Dovč, Peter (Mentor) prašičimitohondrijibiogeneza mitohondrijevalternativno izrezovanjeizražanje genovBiogeneza mitohondrijev je zapleten proces, v katerem je potrebno usklajeno izražanje več kot 1500 genov. V doktorski nalogi smo pripravili profil izražanja nekaterih pomembnih genov, ki so vpleteni v regulacijo biogeneze mitohondrijev. NRF-1, NRF-2, PPARGC1A, TFAM, POLG, POLRMT in TWNIKLE so kandidatni geni, ki s svojim nepravilnim delovanjem lahko močno vplivajo na biogenezo in delovanje mitohondrijev. Profil izražanja izbranih genov smo preverili v različnih tkivih (m. semispinalis capitis, m. semimembranosus, srčna mišica, možgani, vranica in jetra) pri prašičih moškega spola hibrida 1244 in avtohtone slovenske pasme krško poljski prašič. Obenem smo preverili še profil izražanja krajše, alternativno izrezane oblike gena TFAM, ki je ključni transkripcijski faktor v mitohondriju. Iz podatkovnih zbirk ENSEMBL in NCBI smo pridobili do sedaj znane informacije o kandidatnih genih, ki so vpleteni v biogenezo mitohondrijev pri prašiču. Da smo lahko pripravili profil izražanja kandidatnih genov, smo uporabili metodo qPCR. Analiza podatkov je pokazala, da se krajša oblika gena TFAM (proteinu TFAM manjka HMG enota 1, ki je kodirana v eksonu 4) izraža v vseh izbranih tkivih. Domnevamo, da ima tak protein slabšo vezavno afiniteto. Z bioinformacijskimi metodami in statističnimi izračuni smo dokazali, da je PPARGC1A eden glavnih akterjev v začetnih fazah mitohondrijske biogeneze. Z analizo regulatornih poti smo lahko dokazali, da so PPARGC1A, NRF1 in SIRT1 močno medsebojno povezani pri uravnavanju biogeneze mitohondrijev, medtem ko neposredne povezave teh faktorjev s POLG, LONP1, OMA1 in TWNIKLE nismo mogli dokazati.20172017-12-02 07:15:11Doktorsko delo/naloga98455sl