Osamitev in karakterizacija bakterije Clostridium difficile iz prsti v različnih okoljihGomboc, Tjaša (Avtor) Vodovnik, Maša (Mentor) Janežič, Sandra (Komentor) klostridijiClostridium difficilevzorci talprstpeseksonikacijaizolacijamolekularna karakterizacijaidentifikacijatoksinotipizacijaPCR-ribotipizacijaClostridium difficile je anaerobna patogena črevesna bakterija, ki se ob porušenem ravnovesju črevesne mikrobiote lahko prekomerno namnoži ter povzroči okužbo, vse od blage driske do psevdomembranoznega kolitisa. Zelo pogosta je v bolnišnicah, pa tudi v izvenbolnišničnem okolju. Osredotočili smo se na izolacijo bakterije C. difficile iz vzorcev prsti, odvzetih iz njiv, vrtov, parkov in iz vzorcev peska iz peskovnikov. Vzorčili smo na 30 različnih lokacijah v Pomurju. Posamezni vzorec smo obdelali z dvema metodama, ki sta se razlikovali v začetnih korakih – direktno metodo in metodo, ki je vključevala sonikacijo. Vse izolate smo okaraterizirali s PCR ribotipizacijo in toksinotipizacijo. C. difficile smo izolirali iz 17 pozitivnih vzorcev (56,7 %), 15 vzorcev prsti in 2 vzorca peska. Skupaj smo osamili 170 izolatov C. difficile, katere smo uvrstili v 15 različnih PCR-ribotipov, od katerih je bil le en nov – SLO 257. Netoksigenih PCR-ribotipov je bilo 7, toksigenih pa 8; slednje smo uvrstili v dva različna toksinotipa, 0 in IV. Identificirani ribotipi se deloma prekrivajo z ribotipi, ki jih najdemo tudi pri ljudeh in živalih. V prsti smo našli tudi nekaj ribotipov (predvsem netoksigenih), ki prej še niso bili opisani v človeški populaciji, kar kaže na to, da v prsti lahko najdemo genotipe, ki bi lahko bili bolj prilagojeni na okolje. Iz rezultatov lahko razberemo še, da je bakterija C. difficile v prsti prisotna v večjem deležu, kot navajajo dosedanji podatki. V tem delu smo prvič opisali izolacijo C. difficile iz peskovnikov v Sloveniji.[T. Gomboc]20172017-11-12 07:15:20Magistrsko delo/naloga97798sl