Primerjava standardne in molekularne metode za določitev koncentracije arbovirusovPrimožič, Ana (Avtor) Avšič Županc, Tatjana (Mentor) Korva, Miša (Komentor) virusiarbovirusiflavivirusiklasične virološke metode50-odstotna infektivna dozamolekularne metodedigitalni PCRprimerjava metodArbovirusi se v naravi ohranjajo v kronično okuženih členonožcih. Pri ljudeh in živalih lahko povzročijo širok spekter bolezni: od blagih, vročinskih oblik, do zelo hudih oblik bolezni, kot sta meningoencefalitis ali hemoragična mrzlica. Za spremljanje rasti virusov v celičnih kulturah se uporabljata predvsem klasični virološki tehniki: 50-odstotna infektivna doza (TCID50) in metoda štetja plakov, vendar za obe tehniki potrebujemo visoko usposobljeno tehnično osebje ter dostop do laboratorija 3. stopnje biološke varnosti. Poleg zahtevnosti, sta metodi tudi časovno zamudni. Zato, se vse pogosteje za merjenje infektivnosti virusov uporabljajo sodobni molekularni pristopi, vendar natančnih primerjav med posameznimi tehnikami in klasičnimi metodami še ni na voljo. Za določitev koncentracije arbovirusov v celičnih kulturah smo primerjali rezultate metod TCID50 in digitalne verižne reakcije s polimerazo (dPCR) ter skušali ugotoviti ali bi lahko dPCR za oceno koncentracije v celoti nadomestil klasične virološke tehnike v laboratoriju. V analizo smo vključili 4 arboviruse: virus klopnega meningoencefalitisa (KMEV), virus Zahodnega Nila (WNV), virus Usutu (USUV) in virus rumene mrzlice (YFV). Ugotovili smo, da bi v nekaterih primerih lahko zamenjali dPCR za TCID50, saj se koeficient primerjave ohranja skozi pasaže, pri čemer smo morali uspešno vpeljati molekularne metode in izračunati razmerja med vrednostmi TCID50/ml in številom kopij RNA/ml. V našem primeru smo uspešno vpeljali molekularno metodo in koeficient za KMEV, WNV (linija 2), YFV in USUV. Vsekakor pa molekularne metode ne morejo v celoti nadomestiti klasičnih tehnik, lahko so le v pomoč pri rutinski diagnostiki, saj so hitrejše, bolj ponovljive in manj nevarne za tehnično osebje.[A. Primožič]20172017-10-12 07:15:34Magistrsko delo/naloga96712sl