Karakterizacija substratne specifičnosti in pilov tipa IV pri bakterijah prebavilRozman, Vita (Avtor) Vodovnik, Maša (Mentor) Accetto, Tomaž (Komentor) bakterije prebavilpili tipa IV (PT4)encimiaktivni na ogljikovih hidratih (CAZy)Pili tipa IV (PT4) so proteinski filamenti na površini nekaterih bakterij in arhej, ki sodelujejo v različnih procesih, med drugim so pri nekaterih bakterijah domnevno pomemben faktor pritrjanja na netopne substrate. V pričujoči študiji smo analizirali sekvence (osnutkov) genomov 118 taksonomsko raznolikih bakterijskih sevov, pretežno izoliranih iz prebavil (kot kontrolo smo vključili tudi nekaj sevov iz zunanjih ekosistemov), z namenom: (1) ugotoviti, ali lahko z »in silico« analizo nabora genov, ki kodirajo encime, aktivne na ogljikovih hidratih (CAZy), pravilno napovemo substratno specifičnost izbranih sevov, (2) ugotoviti, ali obstajajo povezave med nabori CAZy in prisotnostjo ter zgradbo (gruč) genov, ki domnevno kodirajo PT4a. Z algoritmom HMMer smo v osnutkih genomov izbranih sevov identificirali zapise za encime, ki so aktivni na ogljikovih hidratih (CAZy). Na osnovi števila domnevnih monospecifičnih CAZy smo napovedali sposobnost sevov za razgradnjo posameznega substrata. Da se nabor zapisov za CAZy dejansko odraža v substratni specifičnosti sevov, smo nato preverili (in potrdili) še eksperimentalno, z gojenjem 5 izbranih sevov. V drugem delu smo z algoritmoma BLAST in HMMer identificirali gene, ki kodirajo komponente PT4a (gene pil), ter jih glede na arhitekturno ohranjenost in aminokislinska zaporedja ohranjenih genov razvrstili v podskupine. Analiza je pokazala dobro ohranjene genske gruče pil pri mnogih celulolitičnih bakterijah iz različnih habitatov, vendar pa je slednje najti tudi pri nekaterih sevih z drugačnimi napovedanimi specifičnostmi.[V. Rozman]20172017-09-21 07:55:14Magistrsko delo/naloga95668sl