Funkcionalna analiza metagenomov in rutinska identifikacija rastlinskih polimerov med fermentacijo v vampu prostoživečih prežvekovalcevKošeto, Deni (Avtor) Stres, Blaž (Mentor) Murovec, Boštjan (Komentor) mikrobne združbeprostoživeči prežvekovalciprehrana živalifermentacijavampvampna mikrobiotametagenomikaDNA sekvenciranjesekvenčne metodeITSidentifikacijaRastline, s katerimi se prehranjujejo prežvekovalci, ki naseljujejo visokogorska področja, imajo izjemno visoko vsebnost lignina, kar predstavlja dodaten izziv za prebavno mikrobioto. Prostoživeči prežvekovalci pa so kljub temu eni izmed najuspešnejših skupin rastlinojedih sesalcev na svetu. Zaradi števila rastlin, ki jih imajo na voljo, je njihova prehrana zelo slabo raziskana. Namen magistrskega dela je bil proučiti prehrano košute, srne, jelena in gamsa, ki živijo na področju LPNKK, z uporabo enostavnih in zelo poceni metod ter vzpostaviti podatkovno zbirko in platformo za rutinsko analizo vzorcev vampne vsebine in fecesa. Po končani ekstrakciji DNA in verižni reakciji s polimerazo regije ITS smo dobljenim DNA vzorcem ugotavljali dolžino s kapilarno elektroforezo. Na koncu smo izdelali podatkovno bazo z 79 rastlinskimi vrstami ter z uporabo konzolnega orodja PlantID uspešno identificirali rastline znotraj vzorcev vampne vsebine in fecesov. Ugotovili smo, da so posamezne živali zaužile različne rastline in da se njihova prehrana razlikuje. Hkrati smo primerjali metagenome ovce, goveda in krave na ravni vseh genov ter na ravni genov, ki so vključeni v metabolizem ogljikovih hidratov, saj se znotraj teh genov nahajajo funkcionalni geni za razgradnjo rastlinskih polisaharidov. Eksperimentalni parametri, ki so imeli največji vpliv na porazdeljenost teh podatkov so bili študija, metoda sekvenciranja, vrsta gostiteljske živali in eksperimentalne ponovitve.[D. Košeto]20172017-06-24 07:16:11Magistrsko delo/naloga92661sl