Taksonomska analiza metagenomov in raznovrstnost rastlinskih polimerov kot hranil za mikrobne združbe v vampu prostoživečih prežvekovalcevSebastijanović, Aleksandar (Avtor) Stres, Blaž (Mentor) Prevoršek, Zala (Komentor) Accetto, Tomaž (Recenzent) mikrobne združbeprostoživeči prežvekovalciprehrana živalivampvampna mikrobiotataksonomijasekvenčne metodeDNA sekvenciranjeITS rDNAPrežvekovalci so rastlinojedci, ki so izjemno uspešni v razkroju kompleksnih strukturnih rastlinskih polimerov, ki so za vretenčarje neprebavljivi. V specializiranem želodcu – vampu prežvekovalci vzdržujejo kompleksno mikrobioto, ki s sinergijskim delovanjem proizvaja številne celulolitične in hemicelulolitične encime za razgradnjo težko razgradljivih rastlinskih polimerov. Prežvekovalci mikrobom zagotavljajo okolje, bogato s hranili, dokler jim mikrobi s hlapnimi maščobnimi kislinami, ki so končni produkt fermentacije, zadovoljijo 70 % dnevnih energetskih potreb. Z namenom, da bi bolje razumeli ta sistem, smo proučili prehrano petih prostoživečih prežvekovalcev in taksonomsko sestavo vampne mikrobiote treh udomačenih prežvekovalcev. Z enostavno metodo ugotavljanja razlik v dolžini ITS regij rDNA rastlin smo ugotovili prehranske profile petih prostoživečih prežvekovalcev in ugotovili, da je njihova prehrana v glavnem sestavljena iz štirih rastlin: Larix decidua, Anemone nemorosa, Juniperus alpine in Carex nigra. Sestava prehrane je podobna sestavi, ki so jo ugotovili drugi raziskovalci. Dominanta bakterijska debla so Firmicutes, Proteobacteria, Bacteroidetes in Actinobacteria. Za razliko od ostalih študij smo opazili veliko večjo udeležbo debla Proteobacteria pri dvema skupinama prežvekovalcev. Pri teh živalih je tudi razmerje dominantnih debel nenavadno, saj je deblo Proteobacteria pogosteje zastopano kot debli Firmicutes in Bacteroidetes, ki sta v naši raziskavi po številčnosti na četrtem mestu, na tretjem pa je deblo Actinobacteria. Opazili smo nenavadno visoko zastopanost rodov Bifidobacterium, Mitsuokella in Paenibacillus ter rodov Acheoplasma in Geobacillus, ki nista identificirana v ostalih raziskavah vampne mikrobiote. Sestava arhej je precej podobna sestavi iz prejšnjih raziskav. Dominantne so arheje iz debla Euryarchaeota in rodu Metanobrevibacter, ki predstavlja 22 % vseh arhejskih sekvenc in se nahaja v vseh vzorcih. Na koncu potrjujemo, da je sestava vampne mikrobiote v največji meri odvisna od gostitelja in da se med različnimi živalmi razlikuje.[A. Sebastijanović]20172017-06-05 07:59:06Magistrsko delo/naloga92501sl