Implementacija paralelnega algoritma za analizo obogatenosti k-terk v genomskih zaporedjihPajnič, Matic (Avtor) Curk, Tomaž (Mentor) Lotrič, Uroš (Komentor) paralelno računanjeGPEsinhronizacijanitibioinformatikaproteiniDNARNAgeniCilj diplomske naloge je bil implementirati sekvenčni algoritem za iskanje krajših zaporedij v genomih, ga pohitriti s paralelizacijo ter implementirati paralelno verzijo na grafični kartici. Sekvenčni algoritem je moral poiskati krajša zaporedja znakov v danem zaporedju, ki predstavlja genom. Izračunati je moral frekvence pojavitev zaporedij in pogostost interakcij na podanih položajih ter na naključno premaknjenih položajih, za vsako krajše zaporedje posebej. Na podlagi pojavitev je nato moral določiti, katera krajša zaporedja so za določene položaje v genomu bolj značilna. Na podlagi podatkov o interakcijah med proteini in genomom na določenih položajih, ter na podlagi najdenih krajših zaporedij znakov, je moral nato izračunati in statistično ovrednotiti pogostost pojavitve interakcij. Sekvenčni algoritem smo implementirali v programskem jeziku C, paralelizacijo sekvenčnega algoritma pa smo izvedli na podlagi arhitekture OpenCL, ki omogoča implementacijo algoritmov na grafičnih karticah.[M. Pajnič]20152015-09-21 16:40:01Diplomsko delo/naloga72478sl