Algoritem za detekcijo komponent kompleksov proteinov v interakciji z RNASPASIĆ, MILUTIN (Avtor) Curk, Tomaž (Mentor) Ule, Jernej (Komentor) interakcije protein-RNAfaktorizacija nenegativnih matrikiCLIPkompleksi proteinov in RNAačunalništvoračunalništvo in informatikauniverzitetni študijdiplomske nalogeProteini so pomembni akterji v mnogih celičnih procesih. Interakcije proteinov in RNA imajo pomembno vlogo pri uravnavanju izražanja genov in posledično njihove funkcije. V interakcijo z RNA navadno vstopa več tako posameznih proteinov kakor tudi skupin proteinov. Metoda iCLIP omogoča do nukleotida natančno detekcijo mest interakcij na RNA z izbranim proteinom. V diplomskem delu smo razvili metodo, ki sprejme nabor mest na RNA, ki so v interakciji z izbranim proteinskim kompleksom. V okolici teh mest nato poišče vzorce interakcij iz nabora interakcij proteinov z RNA, za katere imamo podatke. Najdeni vzorci vključujejo tako posamezne komponente (proteine) danega kompleksa kakor tudi proteine, ki danega kompleksa ne tvorijo, ampak vseeno vplivajo na interakcije kompleksa z RNA. Razvita metoda temelji na postopeku faktorizacije nenegativnih matrik. Metodo smo uspešno preizkusili na podatkih o kompleksu SmB, kjer smo uspešno določiti nekaj proteinov, ki so soudeleženi v kompleksu SmB.[M. Spasić]20142014-09-17 14:45:01Diplomsko delo/naloga29479sl