Detekcija različic v genu SLITRK6 in njihov potencialni vpliv na glikozilacijsko stanje proteinskega produktaTomšič, Jakob (Avtor) Boštjančič, Emanuela (Mentor) SLITRK6kancerogenezarazličiceglikozilacijaProtein SLITRK6 (SLIT in NTRK podobni protein 6) je monomeren transmembranski protein iz družine SLITRK, ki je povezan z delovanjem živčnega sistema. Za proteine družine SLITRK so značilne z levcinom bogate regije. SLITRK6 je eden izmed ključnih dejavnikov pri sinaptogenezi in je posledično selektivno izražen v centralnem živčnem sistemu. V literaturi je SLITRK6 povezan tudi s kancerogenezo. Opaženo je bilo zvišano izražanje mRNA SLITRK6 pri raku debelega črevesa in danke, podobno velja pri raku sečnega mehurja, kjer so opazili zvišano izražanje tako na mRNA kot na proteinski ravni. Pri hepatoceličnem karcinomu so potrdili, da SLITRK6 deluje kot spodbujevalec kancerogeneze, njegova funkcija pa je pogojena s pridobljenimi nukleotidnimi različicami v genu. Prav tako obstaja povezava med nastankom adenokarcinoma pljuč in SLITRK6. Na osnovi deglikozilacije (neobjavljeni rezultati) smo ugotovili, da je protein SLITRK6 glikoziliran. Namen dela je bil ugotoviti, ali ima glikozilacija proteina SLITRK6 funkcionalno vlogo in ali je glikozilacijski vzorec pogojen z različicami, pogostimi pri raku. Z več programi smo napovedali mesta N- in O-glikozilacije na aminokislinskem zaporedju SLITRK6 in jih vrednostno opredelili glede na kakovost strukture modela proteina. S sekvenciranjem po Sangerjevi metodi smo določili zaporedje v genu SLITRK6 pri 42 bolnikih z rakom debelega črevesa in danke in 8 bolnikih z rakom prostate. DNA smo izolirali iz tkivnih vzorcev, fiksiranih v formalinu in vklopljenih v parafin. Opredelili smo 21 možnih različic, ki bi lahko vplivale tako na strukturo kot tudi na glikozilacijo SLITRK6. Z uporabo programov za poravnavo, identifikacijo, oceno patogenosti in podatkovnih zbirk Ensembl, COSMIC, ClinVar in TCGA smo opredelili 10 potencialnih drugačnosmiselnih različic, 3 so imele največji napovedani škodljivi učinek: c.1670T>A, c.665G>T in c.485T>C. Preverili smo njihov vpliv na strukturo in glikozilacijski vzorec. Potrdili smo različico c.665G>T, ki je že bila zaznana pri adenokarcinomu pljuč, in jo vnesli v podatkovno zbirko COSMIC. Neposrednega vpliva opredeljenih različic na glikozilacijo nismo potrdili, modeliranje pa je pokazalo, da ob prisotnosti različic pride do več primerov steričnega oviranja v proteinski strukturi in do vzpostavitve stop kodona. V podatkovni zbirki COSMIC smo identificirali potrjene mutacije pri drugih rakih, ki bi lahko vplivale na glikozilacijsko stanje SLITRK6.20262026-09-07 13:10:01Magistrsko delo/naloga186942sl