De novo načrtovanje in biokemijska karakterizacija proteinskih inhibitorjev gonokokovVene, Eva (Avtor) Gunčar, Gregor (Mentor) protein Obgde novo vezalciRFdiffusionAMRgonorejaBakterijska GTPaza Obg je ključna za zorenje ribosomov, uravnavanje translacije in odziv na stres, zato predstavlja privlačno tarčo za de novo načrtovanje proteinskih vezalcev ob naraščajoči antimikrobni odpornosti. Z uporabo naprednega generativnega modela RFdiffusion smo zasnovali okoli dvesto kandidatov ter jih ovrednotili z uporabo bioinformatskih metod. Tako smo izbor zmanjšali na štiri vezalce z največjo možnostjo tvorbe stabilnega kompleksa z Obg. Uspešno smo izrazili in očistili rekombinantni Obg ter pripravili izbrane štiri vezalce, pri čemer je bil le eden primeren za končno testiranje – dva od kandidatov smo tekom procesa izločili zaradi neuspešnega IVA kloniranja, tretjega zaradi prenizke koncentracije vzorca. Pri analizi kompleksa z metodo SEC smo opazili spremembe v elucijskem profilu Obg pri dodatku vezalca, kar je nakazovalo na prisotnost interakcije. Iz pridobljenega kromatograma smo sklepali, da interakcija med proteinoma povzroči strukturno spremembo v proteinu Obg, kar vodi v pomik vrha za kompleks k višjim elucijskim volumnom. Čeprav zaradi časovnih omejitev nismo izvedli dodatnih testov za strukturno potrditev kompleksa, rezultati podpirajo hipotezo, da RFdiffusion omogoča uspešno načrtovanje funkcionalnih vezalcev, ki tvorijo stabilne komplekse s tarčo. V širšem kontekstu magistrsko delo osvetljuje pomemben mikrobiološki in imunološki izziv, pojavnost na terapevtike odpornih mikrobov, ter poudarja potrebo po novih pristopih pri razvoju učinkovin proti rezistentnim patogenom.20262026-09-02 14:00:24Magistrsko delo/naloga186509sl