Študij mikroskopske strukture vodne raztopine lizocima z računalniško simulacijoKunstelj, Karin (Avtor) Hribar Lee, Barbara (Mentor) molekulska dinamikavodna raztopina proteinalizocim radialna parska porazdelitvena funkcijadifuzijski koeficientV diplomskem delu je bila proučevana mikroskopska struktura vodne raztopine lizocima pri različnih koncentracijah z uporabo simulacij molekulske dinamike. Namen dela je bil analizirati strukturne in termodinamske lastnosti vodnih raztopin lizocima različnih koncentracij v prisotnosti kloridnih protiionov. S primerjavo sistema z eno molekulo lizocima ter sistemov s štirimi molekulami lizocima pri dveh različnih koncentracijah je bil proučevan vpliv koncentracije na prostorsko razporeditev molekul vode okoli proteina ter na medsebojne interakcije med proteinskimi molekulami. Posebej je bil proučevan tudi vpliv koncentracije na gibljivost proteinskih molekul. Simulacije so bile izvedene s programskim paketom GROMACS. Stabilnost in strukturne značilnosti sistemov so bile ovrednotene na podlagi temperature, tlaka, potencialne energije in radija giracije, medtem ko so bile interakcije proteina z vodo ter med proteinskimi molekulami proučene z analizo vodikovih vezi in radialnih parskih porazdelitvenih funkcij. Gibljivost proteinskih molekul je bila ocenjena z difuzijskim koeficientom. Rezultati so pokazali, da sprememba koncentracije v proučevanem območju bistveno ne vpliva na globalno strukturo lizocima in njegovo hidratacijsko okolje, saj so bili radij giracije, vodikove vezi in radialne parske porazdelitvene funkcije protein–voda pri različnih koncentracijah primerljivi. Pri višji koncentraciji so se izraziteje pokazale spremembe v prostorski organizaciji proteinskih molekul, hkrati pa se je zmanjšal njihov difuzijski koeficient. Vpliv koncentracije se tako kaže predvsem v medproteinskih interakcijah in gibljivosti proteinskih molekul.20262026-09-01 10:25:57Diplomsko delo/naloga186410sl