Načrtovanje, sinteza in vrednotenje zaviralcev bakterijskih transpeptidaz in metalobetalaktamazKavaš, Vid (Avtor) Gobec, Stanislav (Mentor) Hrast Rambaher, Martina (Komentor) penicilin vezoči proteinimetalo-β-laktamazemonociklični β-laktamisintezakonjugatiprotibiofilmske spojinestrukturno podprto načrtovanjeOdpornost po Gramu negativnih bakterij proti protimikrobnim učinkovinam predstavlja vse večjo grožnjo javnemu zdravju, razvoj novih učinkovin pa za širjenjem odpornosti zaostaja. Doktorsko delo raziskuje monobaktame, monociklične β-laktame, kot ogrodje za nove protibakterijske učinkovine in združuje dva komplementarna pristopa: razvoj monobaktamskih zaviralcev bakterijskih transpeptidaz s protibakterijskim delovanjem ter računalniško podprto odkrivanje zaviralcev metalo-β-laktamaz. Raziskovalni podatki, nastali v okviru dela, so organizirani v štiri metodološke sklope, ki si sledijo od načrtovanja spojin do njihovega biološkega vrednotenja. Prvi sklop obsega in silico podatke, pridobljene z metodami molekulskega modeliranja. Zajema izhodiščne in generirane knjižnice spojin s kemijskimi deskriptorji, podatki o dobavljivosti in biološki aktivnosti, ter podatke molekulskega sidranja, kjer so bile za izbrane tarčne encime, določene vezavne konformacije ligandov in ocenjene z ustreznimi cenilnimi funkcijami. Podatki so shranjeni v standardnih kemoinformacijskih formatih (.sdf, .csv, .pdb, .maegz) in delovnih tokovih programa KNIME. Drugi sklop predstavljajo podatki rentgenske kristalografije. Za izbrane komplekse encim-ligand, vključno s PBP1b* in NDM-1, so bili zbrani difrakcijski podatki na sinhrotronih ESRF in Diamond Light Source, obdelani v koordinatne modele in deponirani v podatkovno bazo Protein Data Bank s trajnimi identifikatorji. Ti podatki neposredno povezujejo računalniško načrtovanje z eksperimentalno potrjenim načinom vezave spojin. Tretji sklop obsega analitske podatke, potrebne za identifikacijo in karakterizacijo vseh sintetiziranih spojin. Vključuje spektre NMR (1H, 13C), podatke UPLC in LC-MS za določitev čistosti in identitete ter HRMS za potrditev točne mase spojin. Vsaka spojina je opremljena z interno oznako, ki jo preko priloženega šifranta povezuje s podatki v vseh treh analitskih sklopih. Četrti sklop zajema podatke biološkega vrednotenja, ločene na encimske teste in protibakterijsko testiranje. Encimski testi so bila izvedeni na izoliranih tarčnih encimih in vključujejo surove odčitke plošč ter izračunane vrednosti zaviralne aktivnosti. Protibakterijsko testiranje obsega določitev minimalnih inhibitornih koncentracij na izbranih bakterijskih sevih.20262026-08-07 10:24:57Neznano185527sl