In vitro analiza fazne ločitve parapegnih proteinov in vpliva heksanukleotidnih RNA ponovitev mutiranega C9orf72Škarabot, Anja (Avtor) Rogelj, Boris (Mentor) parapegeRNA-vezavni proteiniALSRNA konstrukt (G$_4$C$_2$)$_{48}$Parapege so nemembranski organeli, katerih ogrodje predstavlja dolga nekodirajoča RNA NEAT1 (jedrni prepis 1 združka parapeg). Na to ogrodje se vežejo specifični RNA-vezavni proteini, kot so protein spojen v sarkomu (FUS), protein brez domene POU, ki se veže na oktamer (NONO) in faktor bogat s prolini (SFPQ). Ti proteini preko procesa fazne ločitve tekoče-tekoče (LLPS) z molekulami NEAT1 tvorijo sferične kondenzate. V jedrne parapege se ob stresu lahko rekrutira tudi poli(A)-vezavni protein citoplazme 1 (PABPC1), ki sicer deluje kot gradnik stresnih granul v citoplazmi. Pri amiotrofični lateralni sklerozi (ALS) pride do mutacije v genu C9orf72, ki se kaže kot povečano število heksanukleotidnih ponovitev (G$_4$C$_2$)$_n$. Nastale mutirane molekule RNA v jedru tvorijo patološke agregate, ki delujejo kot alternativno ogrodje za proteine parapeg. To vodi v sekvestacijo, kar zmanjša njihovo razpoložljivost za celične procese. V diplomskem delu smo preučevali interakcije med proteini parapeg (FUS, PABPC1, NONO in SFPQ) ter RNA konstruktom (G$_4$C$_2$)$_{48}$ pri različnih molskih razmerjih, s čimer smo želeli dobiti vpogled v naravo njihovih interakcij. Z meritvami turbidnosti in analizo NaDS-PAGE smo potrdili vpliv RNA konstrukta (G$_4$C$_2$)$_{48}$ na topnost proteinov, kar nakazuje na interakcije med proteini in RNA. Molsko razmerje je bilo ključno pri proteinu FUS, kjer je višja koncentracija RNA bistveno zmanjšala agregacijo. Za nadaljnje raziskave je potrebno analize interakcij izvesti še s preostalimi RNA-vezavnimi proteini in pri drugačnih pogojih.20262026-06-29 08:55:03Diplomsko delo/naloga184111sl