Vloga večvalentnih nukleotidnih zaporedij pri negativni povratni regulaciji proteinov z intrinzično neurejenimi regijamiRebselj, Jure (Avtor) Ule, Jernej (Mentor) Kuret Hodnik, Klara (Komentor) proteostazainterstazamultivalencaintrinzično neurejene regijebiomolekularni kondenzatimRNALLPSposttranskripcijska regulacijaProteostaza je ključna za normalno delovanje celic, pri čemer imajo proteini z intrinzično neurejenimi regijami osrednjo vlogo v signalizaciji in regulaciji, hkrati pa so nagnjeni k tvorbi toksičnih agregatov, povezanih z nevrodegenerativnimi boleznimi. Nedavno opisan interstazni mehanizem kaže, da GA-bogate multivalentne mRNA uravnavajo raven intrinzično neurejenih proteinov prek zadrževanja v jedrnih biomolekularnih kondenzatih. V magistrskem delu preučujemo, ali se interstazi podobna načela razširjajo na druge tipe multivalence in ali multivalenca predstavlja splošno organizacijsko načelo regulacije proteostaze na ravni transkriptoma. Razvili smo celovit računalniški pristop za identifikacijo multivalenčnih regij v CDS, 3′UTR in intronih človeških mRNA ter njihovo povezovanje z večplastnimi strukturnimi in funkcijskimi podatki. Na ravni transkriptoma smo pokazali, da multivalentne regije tvorijo pozicijsko specifične gruče in da njihovi vzorci v CDS statistično korelirajo z vzorci v nekodirajočih odsekih, kar podpira obstoj koordiniranega regulatornega jezika RNA. Skupine multivalenčnih regij smo razvrstili glede na niz strukturnih in funkcijskih značilnosti ter identificirali kandidate, ki so potencialno funkcionalno povezani z regulacijo proteostaze in biomolekularnimi kondenzati. Na podlagi rezultatov sklepamo, da je RNA multivalenca organizirana in funkcionalno pomembna lastnost, ki razširja koncept interstaze na širši spekter motivov ter prispeva k finemu uravnavanju homeostaze prek kompleksnega regulatornega jezika RNA.20262026-04-25 07:16:00Magistrsko delo/naloga182141sl