Analiza cirkadianega izražanja izbranih krožnih RNA v človeški celični liniji U2OSPajnhart, Lara (Avtor) Režen, Tadeja (Mentor) circRNAU2OScirkadiani ritemCosinorPyKrožne RNA molekule (circRNA) so stabilne nekodirajoče RNA, za katere je značilna kovalentno zaprta zanka brez 5'- in 3'-konca. Zaradi svoje posebne strukture so odporne na delovanje eksonukleaz, kar jim omogoča dolgotrajno obstojnost v celici. V zadnjih letih se je pokazalo, da circRNA pomembno sodelujejo pri regulaciji izražanja genov, nadzorovanju transkripcijskih in translacijskih procesov ter ohranjanju celične homeostaze. Njihova vloga se povezuje tudi z razvojem bolezni, kot so rak in nevrodegenerativne motnje, zato postajajo vedno bolj prepoznane kot potencialni biooznačevalci in terapevtske tarče. Cirkadiani ritem je notranji biološki mehanizem, ki uravnava številne fiziološke procese v približno 24-urnem ciklu. Vključuje kompleksno omrežje genov in beljakovin, ki tvorijo transkripcijsko-translacijske povratne zanke. Čeprav so cirkadiani geni že dobro raziskani, je povezava med circRNA in cirkadianimi ritmi še razmeroma nepoznana. Raziskave na tem področju se v zadnjem času intenzivno razvijajo, saj bi razumevanje morebitne časovne regulacije circRNA lahko prispevalo k odkrivanju novih mehanizmov celične regulacije. Namen diplomske naloge je bil preučiti, ali se izbrane circRNA izražajo cirkadiano ali ne, v človeški osteosarkomski celični liniji U2OS, ki se pogosto uporablja kot in vitro model za raziskave cirkadianih ritmov. V eksperimentalnem delu je bila iz celic linije U2OS izolirana RNA v različnih časovnih točkah ter s pomočjo reverzne transkripcije in kvantitativne verižne reakcije s polimerazo (qPCR) nato določeno izražanje izbranih circRNA. Izbrane circRNA so bile najprej določene glede na analizo amplifikacijskih produktov na agaroznem gelu. Kot uspešno pomnožene so se pokazale hsa_circ_0003638, hsa_circ_0032815, hsa_circ_0006041 in novel_circ_0012890. Za normalizacijo smo uporabili referenčni gen ACTB, za validacijo ritmičnosti pa cirkadiani gen DBP. Analizo podatkov smo izvedli z metodo CosinorPy, ki omogoča statistično oceno, ali izražanje sledi 24-urnemu ciklu. Rezultati so pokazali, da izbrane circRNA v danih pogojih niso izkazovale značilnega cirkadianega izražanja, medtem ko je bil gen DBP potrjen kot pozitiven kontrolni označevalec ritmičnosti. Ti rezultati nakazujejo, da izbrane circRNA v celični liniji U2OS verjetno nimajo neposredne vloge v osnovnem cirkadianem omrežju. Kljub temu pa delo prispeva k boljšemu razumevanju circRNA in odpira možnosti za nadaljnje raziskave njihove vloge v časovni regulaciji celičnih procesov.20262026-04-24 12:50:03Diplomsko delo/naloga182119sl