Fenotipska in genotipska opredelitev sevov bakterije Escherichia coli in Escherichia marmotae, osamljenih iz vode in sedimentov ribnikov opekarna na Verdu pri VrhnikiJaklič, Ajda (Avtor) Ambrožič Avguštin, Jerneja (Mentor) Danevčič, Tjaša (Komentor) E. coliE. marmotaeribniki Opekarnageni za dejavnike virulenceodpornost proti protimikrobnim učinkovinamhemolizaizolacija plazmidovKljub temu, da je priznana ekološka niša bakterije Escherichia coli prebavni trakt ljudi in živali, s stalno telesno temperaturo, rezultati nedavnih študij nakazujejo, da lahko nekateri sevi preživijo in se razmnožujejo tudi v okolju. Tudi ti, tako imenovani naturalizirani sevi, imajo lahko gene za dejavnike virulence in odpornost proti protimikrobnim učinkovinam in zato predstavljajo tveganje za zdravje ljudi in živali. V magistrskem delu smo opredelili izbrane fenotipske in genotipske lastnosti 98 izolatov rodu Escherichia, ki smo jih osamili iz vzorcev vode in mulja ribnika Divjak ter vode ribnika, ki smo mu dodelili oznako 2. ribnik. Oba ribnika se nahajata na Verdu pri Vrhniki. Triinsedemdeset izolatov smo opredelili kot vrsto E. coli in 25 kot vrsto E. marmotae. Klonalnost izolatov smo ugotovili z metodo ERIC-PCR. Izolate smo razvrstili v filogenetske skupine po prvotni (Clermont in sod., 2000) in prenovljeni metodi (Clermont in sod., 2013), pri čemer smo največ izolatov po prvotni (70,97 %) in prenovljeni metodi (74,19 %) uvrstili v filogenetsko skupino B1. Pri vseh izolatih E. marmotae smo potrdili prisotnost specifičnega pomnožka dolžine 476 bp, značilnega za seve E. marmotae. Z molekularnimi metodami smo preverjali prisotnost 18 genov za dejavnike virulence ter osmih genov za β-laktamaze in treh plazmidno posredovanih genov za odpornost proti fluorokinolonom. Pri skoraj vseh izolatih smo potrdili vsaj en gen za dejavnik virulence. Preverili smo tudi sposobnost hemolize in fenotipsko odpornost proti 10 izbranim protimikrobnim učinkovinam. Slednjo smo potrdili pri petih izolatih E. coli in pri enem izolatu E. marmotae. Izolirano plazmidno DNA izbranih izolatov smo poslali na sekvenciranje v podjetje Microsynth, Švica. Analiza je pokazala prisotnost manjših plazmidov z različnimi mesti začetka podvojevanja in pričakovano uravnavo podvajanja s protismerno RNA.[A. Jaklič]20252025-10-24 07:15:44Magistrsko delo/naloga175308sl