Kontroliranje orientacije proteina s strižnim tokom z uporabo spodbujevalnega učenjaJalen, Gašper (Avtor) Praprotnik, Matej (Mentor) Potisk, Tilen (Komentor) simulacija molekulske dinamikeproteinkontroliranje orientacijespodbujevalno učenjestrižni tokProteini so naravni polimeri, ki imajo ključno vlogo tako v živih organizmih kot tudi v biotehnoloških aplikacijah. Pri bioloških in industrijskih procesih so lahko izpostavljeni mehanskim vplivom, na primer strižnemu toku. V tem delu želimo vpliv strižnega toka na protein izkoristiti za kontroliranje njegove orientacije. Pri tem za simuliranje v vodi solvatiranega proteina uporabimo simulacijo molekulske dinamike v kombinaciji s poljem sil Martini. Kontroliranje orientacije proteina izvajamo s spodbujevalnim učenjem z metodo Q-učenja. Celoten postopek sestavlja cikel iz krajše simulacije, določitve nove smeri proteina ter izbire nove strižne napetosti za simulacijo v naslednji iteraciji cikla. Rezultate spodbujevalnega učenja, kot je npr.~trajektorija orientacije proteina, primerjamo z referenčno fizikalno napovedjo, ki temelji na predpostavki, da strižni tok lahko povzroča rotacijo le okoli dveh fiksnih osi v prostoru.20252025-10-01 08:16:08Magistrsko delo/naloga174324sl