Razvoj spletnega orodja za iskanje tarč bioaktivnih molekul naravnega izvoraHirci, Jernej (Avtor) Konc, Janez (Mentor) Kunej, Tanja (Komentor) bioaktivne molekule naravnega izvoraračunalniško odkrivanje zdravilinverzno sidranjestrežnik ProBiS-Dock Serveralfa-ciperontarčni proteiniAlzheimerjeva bolezenBioaktivne molekule naravnega izvora so ključni vir za razvoj zdravil in so deležne vedno večje pozornosti zaradi obetavnih rezultatov študij o sodobnih boleznih, kot so rak in nevrodegenerativne bolezni. Pogosto imajo polifarmakološko aktivnost, kar lahko prinaša neznane posledice, zaradi česar je njihovo raziskovanje ključnega pomena. Klasični laboratorijski pristopi niso dovolj učinkoviti za potrebne obsežne raziskave, zato se metode pomikajo k boljšim rešitvam, kot je računalniško podprto odkrivanje zdravil. To delimo na metode na osnovni ligandov ter na osnovi struktur, med katerimi je za raziskovanje tarč molekul najbolj primeren pristop inverznega sidranja, ki omogoča napoved potencialnih tarčnih proteinov za izbrano molekulo. Kljub temu ne obstaja spletno orodje, ki bi uporabnikom omogočalo inverzno sidranje molekul na obsežne zbirke vezavnih mest. Zato smo razvili spletni strežnik, ki je javno dostopen na spletni povezavi http://probis-dock-server.insilab.org/ in omogoča uporabo algoritma ProBiS-Dock na podatkovnih zbirkah vezavnih mest ProBiS-Dock (220,60 proteinov) ter ProBiS-Fold (vsi človeški proteini). Strežnik sprejme datoteko molekule za sidranje, omogoči izbiro podatkovne zbirke in nastavitev parametrov, sidra molekulo ter vrne rezultate na pregleden in dostopen način. Za potrditev delovanja smo izvedli prvo študijo obsežnega inverznega sidranja naravne molekule alfa-ciperon, ki se v tradicionalni medicini uporablja za zdravljenje raznih obolenj. Sto najbolj verjetnih napovedanih tarč smo uvrstili v preglednico ter z njimi izvedli analizo statistične obogatitve poti KEGG PATHWAY. Odkrili smo 142 obogatenih bioloških poti, od tega jih je bilo 35 povezanih z Alzheimerjevo boleznijo. Rezultati naše študije in omejena raziskanost alfa-ciperona nakazujejo pomembnost nadaljnjih raziskav te molekule, pri čemer naše napovedane tarče služijo kot izhodišče za razumevanje njene potencialne vloge v terapijah nevrodegenerativnih boleznih.20252025-09-25 07:16:26Magistrsko delo/naloga173888sl