Velike modifikacije genoma bakterije Streptomyces rimosus z orodjem CRISPR-Cas9Kovač, Julija (Avtor) Petković, Hrvoje (Mentor) Avbelj, Martina (Komentor) Petković, Uroš (Recenzent) genska modifikacijaCRISPR-Cas9Streptomyces rimosuslinearni genomvelike delecijetelomeraplazmidiBakterije rodu Streptomyces predstavljajo pomemben vir metabolitov za razvoj novih medicinsko in industrijsko pomembnih učinkovin. Te bakterije vsebujejo številne, še neodkrite genske skupine za biosintezo številnih sekundarnih metabolitov. Kljub temu njihova biotehnološka proizvodnja ostaja zahtevna zaradi nestabilnega genoma ter specifičnega življenjskega kroga. Sprva je optimizacija sevov temeljila na naključni mutagenezi, danes pa je eden izmed sodobnih pristopov k izboljšanju heterolognega gostitelja tudi delecija neželenih gruč biosinteznih genov ali večjega dela genoma bakterij Streptomyces oziroma t.i. »minimizacija genoma«. Posebej učinkovita se je na tem področju izkazala uporaba orodja CRISPR-Cas9, ki smo ga dodatno optimizirali za aplikacijo v bakteriji S. rimosus. Cilj magistrskega dela je bila cirkularizacija linearnega genoma S. rimosus ter delecija velikega plazmida z uporabo orodja CRISPR-Cas9, s čimer bi potencialno pridobili izboljšane seve bakterije S. rimosus. Sprva smo uspešno konstruirali dva ustrezna plazmidna konstrukta. S prvim, ki je vseboval ustrezne homologne regije, smo ciljali na telomerne regije linearnega kromosoma ter skušali cirkularizirati kromosom. Z drugim, ki ni vseboval homolognih regij, smo ciljali v središče velikega plazmida ter skušali povzročiti razpad in delecijo plazmida. Z metodo konjugacije E. coli-Streptomyces smo vnesli plazmidne konstrukte v različne seve S. rimosus. Vendar po analizi izbranih konjugant nismo uspeli potrditi seva z želenim genotipom.[J. Kovač]20252025-09-21 07:16:49Magistrsko delo/naloga173741sl