Primerjava bioinformatskih orodij za detekcijo modificiranih peptidovGošnjak, Tanja (Avtor) Curk, Tomaž (Mentor) proteomikamasna spektrometrijaidentifikacija peptidovmodifikacije peptidovbioinformatikaPrimerjava bioinformatskih orodij za detekcijo modificiranih peptidov Povzetek: Proteomika je veda, ki se ukvarja z analizo proteinov in njihovo identifikacijo, pri čemer je masna spektrometrija najpogosteje uporabljena metoda. Za analizo eksperimentalnih podatkov o peptidih so na voljo različna programska orodja, ki uporabljajo različne algoritme in nastavitve za identifikacijo. V magistrski nalogi smo se osredotočili na primerjavo štirih prosto dostopnih orodij: MSFragger, MetaMorpheus, MaxQuant in AlphaPept. Programe smo primerjali s privzetimi nastavitvami na javno dostopnih podatkih masne spektrometrije in ocenili več vidikov njihovega delovanja, vključno z uporabniško izkušnjo, dostopnostjo dokumentacije, hitrostjo analize, uspešnostjo identifikacije peptidov, modificiranih peptidov in peptidov s točkovnimi mutacijami. Rezultati so pokazali, da sta programa MSFragger in MetaMorpheus dosegla najboljše rezultate pri identifikaciji modificiranih peptidov in mutacij, pri čemer je imel program MetaMorpheus najkrajši čas izvajanja analize. Program MaxQuant je bil manj uspešen od omenjenih dveh programov, vendar boljši od programa AlphaPept, ki se je izkazal kot najmanj robusten in pogosto ni uspel identificirati peptidov. Pomembna ugotovitev je, da identifikacija mutacij ni bila posebej uspešna, kar poudarja potrebo po nadaljnjem razvoju na tem področju. Pri izbiri primernega programa je pomembno, da se zavedamo prisotnosti lažno pozitivnih rezultatov, ki lahko vplivajo na interpretacijo podatkov. Naši rezultati nudijo vpogled v razlike med programi in uporabne smernice za raziskovalce pri izbiri primernega orodja za identifikacijo in analizo peptidov.20252025-09-17 10:00:01Magistrsko delo/naloga173449sl