Razvoj in preizkušanje oligonukleotidnih začetnikov za specifično pomnoževanje celotnih genomov virusa molluscum contagiosum (MOCV)Štebe, Sara (Avtor) Poljak, Mario (Mentor) Zorec, Tomaž Mark (Komentor) virus molluscum contagiosumMCMOCVoligonukleotidni začetnikiNGSPCRbioinformatikamolekularna diagnostikaV magistrskem delu smo razvili metodo za zanesljivo pomnoževanje celotnih genomov virusa molluscum contagiosum (MOCV) neposredno iz raznolikih kliničnih vzorcev, v katerih se lahko razlikuje količina virusne DNK. Zasnovali smo nabor 59 oligonukleotidnih začetnikov na podlagi 64 javno dostopnih genomov MOCV. Po bioinformatski oceni učinkovitosti smo metodo preizkusili na osmih kliničnih vzorcih (štirje MOCV1 in štirje MOCV2), z uporabo sekvenciranja pomnožkov ter sekvenciranja celotne nukleinske kisline. V prvem poskusu smo pri vseh vzorcih MOCV1 dosegli popolno pokritost genoma, medtem ko so bili MOCV2 genomi pokriti le delno. Zato smo dodali še 9 parov začetnikov in ponovno izvedli sekvenciranje. Tokrat smo dosegli skoraj popolno pokritost tako za genome MOCV1 (98,4 %) kot MOCV2 (97,0 %). Ugotovili smo, da so se številni začetniki, ki so bili prvotno zasnovani za MOCV1, učinkovito vezali tudi na genome MOCV2, kljub prisotnim neujemanjem, le če neujemanja niso bila zaporedna. Rezultati sekvenciranja pomnožkov so bili primerljivi z rezultati sekvenciranja celotne nukleinske kisline. Na koncu smo izvedli še teoretično analizo pokritosti in ugotovili, da naši začetniki lahko pokrijejo več kot 98 % genomov MOCV, če dovolimo do dve ali tri neujemanja v primerjavi z tarčnim zaporedjem. Metoda se je izkazala kot enostaven in stroškovno učinkovit pristop za genomsko raziskovanje MOCV in bi lahko bo uporabna v prihodnjih študijah njegove evolucije in možnosti zdravljenja.[S. Štebe]20252025-07-12 07:15:45Magistrsko delo/naloga170667sl