Populacijska genomika avtohtonih in invazivnih vrst kvasovk HanseniasporaBrudar, Sašo (Avtor) Čadež, Neža (Mentor) Jakše, Jernej (Komentor) Hanseniasporapopulacijska genomikahibridivinogradništvopopulacijska strukturaNamen raziskave je bil preučiti populacijsko genomiko avtohtonih in invazivnih vrst kvasovk rodu Hanseniaspora v slovenskih vinogradih. Osredotočili smo se na vrsto Hanseniaspora uvarum, ki jo štejemo za avtohtono, ter Hanseniaspora opuntiae, za katero domnevamo, da je invazivna. Z uporabo različnih bioinformatskih orodij smo analizirali genomska zaporedja za 100 sevov. V naboru sevov smo identificirali 73 sevov med vrsto H. uvarum in 22 sevov med vrsto H. opuntiae. Preverili smo kakovost genomov, pridobljenih s tehnologijo sekvenciranja kratkih odčitkov, DNBSeq. Seve smo identificirali s poravnavo genomskih zaporedij nukleotidov na referenčne genome z uporabo orodja SppIDer. Genomskim zaporedjem nukleotidov smo določili mutacije različic posameznih nukleotidov (SNP-je) z uporabo cevovoda GATK. Genetsko raznolikost sevov na podlagi SNP-jev v kodirajočih regijah genomov smo prikazali z uporabo filogenetskega drevesa in strukture populacije za vrsti H. uvarum in H.opuntiae. Z medsebojno primerjavo filogenetskih dreves in podatkov struktur populacij smo potrdili, da je H. uvarum avtohtona. Vrsta H. opuntiae je prisotna le v vinorodni deželi Primorska. Domnevamo da gre za termotolerantno vrsto, ki se tako širi v toplejše vinogradniške okoliše. V populaciji vrste H. opuntiae smo zaznali prisotnost hibridov z vrsto H. pseudoguilliermondii. Zabeležili smo 6 hibridnih sevov med 100 sevi kvasovke Hanseniaspora oz. 6 hibridnih sevov med 22 sevi H. opuntiae. Za vrsto H. uvarum smo prepoznali 4 populacije, za vrsto H. opuntiae pa 2 populaciji v Sloveniji. Te smo primerjali s filogenetskim drevesom in jih povezali s podatki geografske lokacije in izvorom izolacije. Ugotovili smo tvorbo novih populacijskih struktur na podlagi prisotnosti hibridov, lastnosti hitrega genetskega spreminjanja ter geografskega in izolacijskega izvora.20252025-05-25 07:15:19Magistrsko delo/naloga169364sl